Помимо любопытных диковинок и просто красивых вещей, призванных восхищать созерцателя, императорский музей вмещал внушительную коллекцию музыкальных инструментов, как духовых, так и струнных, к которым придворные музыканты относились с нескрываемым презрением, почитая их никчемным антиквариатом. Самые известные из этих музыкантов, Филиппо да Монте и Андреа Moсто, были итальянцами, однако музыкальные увеселения двора обычно поручались мастеру из Нюрнберга, Иоганну Леонарду Хастеру, который впоследствии служил при дворе Кристиана I, правителя Саксонии. Концерты обычно проходили в большом бальном зале, расположенном прямо напротив Зала Турниров. В первые годы правления, когда мрачная ипохондрия еще не вынудила Рудольфа отвернуться от людей, придворные балы представляли собой роскошное зрелище, и целая армия музыкантов под руководством императорского балетмейстера Альфонсо Пасетти из Феррари трудилась, развлекая гостей.
Тридцать лет Рудольф ревностно хранил свою коллекцию картин, статуй, древностей и диковинок, она прославила Прагу на весь мир и привлекла в столицу Богемии множество гостей, но доступ к сокровищам можно было получить, лишь сведя дружеское знакомство со Страдой или другими придворными. Чем старше становился император, тем тщательнее скрывал он свои коллекции от чужих глаз, и великие шедевры не могли оказать влияние на начинающих богемских художников и скульпторов.
Тем не менее, ценность кунсткамеры Рудольфа была поистине неслыханной: антиквар Юлий Цезарь Буленгер, умерший в 1628 году, оценил все золотые и серебряные вещицы, драгоценные камни и жемчуга в семнадцать миллионов золотых гульденов. После смерти своего обладателя коллекция была заброшена и впоследствии стала жертвой войн, затронувших Богемию. Внимание всей Европы было приковало к сокровищам, но последние годы Тридцатилетней войны стали завершающим ударом, нанесенным коллекции и окончательно разрушившим ее. Шведская армия атаковала замок на Градчанах практически в момент заключения Вестфальского мира. Богемский историк пишет, что в мародерстве был повинен шведский канцлер Аксель Оксеншерна. Как бы то ни было, несколько кораблей, груженных сокровищами, отправились в Стокгольм, а остальные — в Вену и другие города империи. В Праге же, словно в напоминание о былом величии, осталось лишь несколько экспонатов.
Рудольфа, как защитника искусств, часто сравнивают с членами семьи Медичи, которые своими либеральными указами стимулировали развитие искусств в Италии и дали многим гениям возможность свободно творить. Однако германский монарх слишком любил и хвалил итальянскую живопись, из-за чего большинство художников в Праге стали попросту копировать итальянский стиль, не внося в искусство ничего своего.