Основной базой для развертывания партизанского движения стала Ильичевская подпольная организация, руководимая бежавшим из фашистского плена политработником Д. И. Овчаренко и инженером-строителем С. И. Дроздовым. Она насчитывала более 22 подпольных групп, во главе которых стояли политически зрелые и подготовленные руководители. Город по предложению В. Д. Авдеева был разбит на микрорайоны, в каждом из которых было решено создать партизанский отряд, подчиняющийся единому руководству парашютистов.
3 февраля 1944 года на совещании подпольщиков Ильичевского района В. Д. Авдеев утвердил 6 партизанских штабов. Перед ними была поставлена задача: создать в своем микрорайоне партизанский отряд. В это же время В. Д. Авдеев установил контакт с руководителями подпольной организации Ленинского района, возглавляемой бывшим секретарем Новоархангельского райкома партии Кировоградской области К. А. Тимофеевым. К концу 1943 года эта организация превратилась в спаянный, хорошо законспирированный, связанный с рядом заводов и фабрик боевой коллектив из 80 подпольщиков. 7 февраля командир парашютистов утвердил командование отряда Ленинского района.
Блестящий организатор, В. Д. Авдеев за короткое время завоевал большой авторитет у одесских подпольщиков и был единогласно признан их командиром. По советам и указаниям В. Д. Авдеева подпольщики усилили разъяснительную работу среди населения города, а также военнослужащих 1-й словацкой дивизии, остатки которой в конце 1943 года были переброшены в Одессу.
Партизанские штабы районов, подпольные организации и группы подбирали людей в боевые отряды, добывали оружие и боеприпасы, вели разведку входов в катакомбы, заготовляли продовольствие и горючее. Однако завершить работу по созданию партизанского соединения В. Д. Авдееву не удалось. Утром 2 марта 1944 года агент вражеской контрразведки и подоспевшие затем офицеры и солдаты пытались арестовать В. Д. Авдеева. Командир парашютистов боролся до последнего патрона. Не желая попасть в руки врага живым, В. Д. Авдеев пустил последнюю пулю себе в висок. Пуля выбила правый глаз, но рана оказалась не смертельной. Только 5 марта, находясь в клинике под усиленной охраной жандармов, В. Д. Авдеев пришел в сознание. С нетерпением контрразведчики ждали этого момента. Под видом доктора следователь явился в палату. Он пытался заговорить с отважным чекистом. Но сапоги со шпорами выдали контрразведчика. В. Д. Авдеев сорвал с головы повязку, поднялся и с размаху ударился правым виском о железную спинку больничной койки. Смерть наступила мгновенно.