Кроме того, следует отметить большую протяженность Японского архипелага. Узкая гряда островов вытянута в направлении с северо-востока на юго-запад в пределах от 45 до 24 градусов северной широты, что обеспечивает сильно различающиеся между собой экологические условия обитания населения разных регионов этой страны, чему способствует и обилие гор, служащих естественным консервантом локальных особенностей стиля жизни. Еще в прошлом веке обитатели севера и юга Японии испытывали значительные лингвистические затруднения при общении друг с другом. Не изжиты они окончательно и в настоящее время.
С древности и до второй половины XIX в. из зоны «японской» культуры и истории в значительной степени выпадает Хоккайдо, где невозможно рисоводство, а японское государство было заинтересовано, в первую очередь, в освоении потенциально рисовыращивающих территорий. Архипелаг Рюкю в силу его удаленности от Кюсю и Хонсю также ведет вполне независимое культурно-хозяйственное и историческое существование и попадает в сферу влияния Японии только после присоединения к ней в 1879 г., когда была образована префектура Окинава.
Японские реки, берущие свое начало в горах, обладают короткой протяженностью, бурны, текут почти исключительно в широтном направлении. Вследствие этого их значение в качестве транспортных и информационных артерий было ограничено, и они не играли той объединяющей роли (хозяйственной и культурной), характерной для великих рек других цивилизаций (Нил, Янцзы, Волга и т. д.). Альтернативу речному сообщению составляли прибрежные морские пути и, в особенности, сухопутные дороги. Их строительство активизируется в периоды сильной централизованной власти.
Количество городов и их качественное состояние являются одной из важнейших характеристик интенсивности обменных процессов, на которые прямое воздействие оказывает плотность населения. Первые города появляются в стране в начале VIII в. В течение длительного времени формирование городов напрямую зависит от местоположения управленческих структур. Основным типом города был «призамковый город», выраставший вокруг княжеского замка. Поселения городского типа и сопутствующая им инфраструктура возникали также вокруг популярных святилищ и храмов, служивших местом паломничества. Иными словами, степень развития хозяйственной специализации (ремесленнической, сельскохозяйственной, региональной) и производительности труда были явно недостаточны для спонтанного роста городов. Ситуация резко меняется в период Токугава, когда наблюдается значительная концентрация населения более чем в 200 городах, в которых проживало около 15 процентов населения. Основными городами в период Токугава были: крупнейший город мира Эдо (более 1 миллиона человек), Киото и Осака (около 500 тысяч).