При многовековом редактировании поэм Гомера в них чудесным образом остались противоречия, связанные воздействием некоей «священной силы» – государственной цензуры, которая в более поздние времена была замещена традицией – привычкой не повреждать сюжетных событий изначального текста, а работать только над стилем. Среди самых явных противоречий: в «Илиаде» стена вокруг ахейского стана то появляется, то замещается рвом, то пропадает вовсе. Хронология распределена по песням поэмы крайне неравномерно: третий день боев оказывается на порядок насыщеннее событиями, чем два предыдущие. Менелай убивает пафлегонского вождя Пилемена, но позднее тот же Пилемен оплакивает своего убитого сына. Гектор убивает фокейского вождя Схедия дважды в разные моменты повествования. Все эти проблемы рассеиваются, если допустить перестановку песен при сохранении их содержания.
На бережное отношение к тексту гомеровского эпоса указывает сохранение разночтений с мифологической традицией. В «Илиаде» упоминается, что Эдип умер в Фивах, а по традиции считается, что это произошло в Колоне близ Афин. Гомеровский Тидей похоронен в Фивах, хотя считается, что его могила в Элевсине. У Гомера в «Одиссее» Филомела считается дочерью Панадрея, а по традиции считается, что она дочь афинского царя Пандиона. В «Илиаде» Гекуба – дочь Диаманта, по традиции – Киссея. У Гомера Минос – мудрый судья, друг Зевса, в афинской традиции – враг.
Перед лингвистами стоит вопрос о том, изменялся ли язык гомеровских поэм за столетия их редактирования. Что прямого перевода с одного диалекта на другой не было и быть не могло, считается общепризнанной истиной. Также считается, что основным для поэм Гомера является ионийский диалект – ответвление аттического диалекта, очень сходного с ним. Вместе с тем, присутствуют также элементы эолийские и специфически аттические. Ряд терминов, безусловно, относятся к микенской архаике.
Микенские термины: aor (меч), bios (лук), dais (факел, или война), egchos (копье), entea (вооружение), ios (стрела), pelex (шлем), sacos (щит), tryphaleia (шлем), phasganon (меч). Микено-эолийские термины: damemi (укрощаю), phobos (страх или бегство), charme (битва, страсть к битве) и др. Эолийские термины: aichmetes (копейщик), eychos (слава), cydos (слава, термин более позднего происхождения), aspistes (щитоносец), thorectes (латник) и др. Эолийско-ионийские термины: aichme (копье), aspis (щит), dory (копье), eris (ссора), thorex (панцирь), cnemis (поножи), xiphos (меч), oistos (стрела), toxon (лук) и др. Ионийские термины: acontistes (копьеметатель), eirene (мир), neicos (вражда), hoplon (оружие), ponos (сражение), toxeyo (стреляю из лука), typto (поражаю), philotes (мир), phyxis (бегство) и др. Микенско-эолийско-ионийские термины: ballo (метать, поражать, ранить), mache (сражение), nice (победа), polemos (война), machomai (сражаюсь), nicao (побеждаю), pheygo (обращать в бегство) и др.