Интересно, что когда «общники» еще жили в заброшенном доме под Венецией, Ксаверию приснилась Индия. В воспоминаниях Рибаденейры есть рассказ о том, как Франциск проснулся среди ночи со словами: «Как же я устал!.. Мне приснилось, будто я нес на плечах индийца, а он был такой тяжелый, что я не мог его нести». 7 апреля 1541 года Франциск Ксаверий отплыл из Лиссабона и после нескончаемо долгого и трудного путешествия, продолжавшегося более года, высадился в бухте Гоа.
Товарищ Игнатия начал обращать в христианство ловцов жемчуга, которых встречал на побережье. По его собственным утверждениям, число неофитов достигало десяти тысяч. Правда, позднее выяснилось, что Франциск избрал не самую удачную тактику, работая только с бедными слоями индийского населения. Но и эта победа принесла значительные плоды. В Индии была официально учреждена иезуитская провинция.
Ксаверий работал на Востоке более десяти лет. Как-то, встретив на Гоа японца, пребывающего в состоянии духовного кризиса, товарищ Лойолы стал его наставником и вместе с ним приехал в Японию. Там он столкнулся с неожиданной трудностью. Японцы с интересом слушали его, но высказывали сомнение: как христианство может быть истиной, если его не знают в Китае? Ксаверий немедленно собрался в Поднебесную империю, невзирая на опасность для жизни. В те времена всякий, проникший в Китай без разрешения, подлежал казни. Товарищ Лойолы безуспешно пытался представиться членом посольства короля Португалии. В конце концов ему удалось сесть на корабль, идущий в Китай, и высадиться на острове Шанчуань, но его миссионерство в Поднебесной так и не состоялось. Он заболел и умер прямо на острове, в десяти километрах от материка, в возрасте сорока шести лет.
Франциск Ксаверий был лучшим другом Лойолы. Именно ему Игнатий планировал передать руководство орденом и даже отправил письмо на эту тему… Только адресат был уже полгода как мертв.
Удачны для иезуитов оказались экспедиции в Бразилию. Первая началась в феврале 1549 года, когда несколько членов ордена отплыли туда с эскадрой генерал-губернатора Томе ди Созы.
Миссия, порученная этим миссионерам, была тройной. Она включала в себя проповедь веры язычникам, пастырскую заботу о португальцах и христианское воспитание детей. Спустя год организовали еще одну экспедицию, а в 1553 году — третью. Среди бразильских миссионеров находились иезуиты — родственники Франциска Ксаверия и самого Лойолы.
Несмотря на многочисленные удачи, главной целью нашего героя в деле миссионерства оставалась Святая земля. Долгие годы он вынашивал планы об основании иезуитской коллегии в Иерусалиме, но ему не удалось увидеть воплощение этого замысла. Господь в третий раз отвел его от исполнения самой заветной мечты.