Канизий написал катехизис, в котором, насколько это вообще возможно, попытался примирить католиков и лютеран. Также он курировал иезуитские коллегии, открывшиеся в Вене, Кельне, Ингольштадте. В итоге области, где проводилась эта работа, остались по большей части католическими.
Поначалу удача сопутствовала товарищам Игнатия и в Англии. На престол взошла Мария Тюдор, казалось, что со схизмой вот-вот будет покончено. Но вскоре Марии не стало и на престоле оказалась Елизавета I, поддерживающая протестантов. Иезуитов выслали из страны, правда, они продолжали работать в Англии тайно. Случилось это уже после смерти Лойолы, в 1558 году.
Польша, которая сегодня относится к самым «католическим» странам Европы, во времена Лойолы тоже балансировала на грани протестантизма. При жизни нашего героя иезуиты только успели наведаться туда и оценить обстановку.
Очень широко Общество Иисуса распространилось на родине своего основателя, в Испании. Поначалу туда приехали все тот же вездесущий Пьер Фавр и родственник Лойолы, Антонио Араос. Он был племянником Магдалены Араос, богобоязненной невестки нашего героя. Иезуитские коллегии открылись в Алькале и Саламанке, где Лойолу арестовывали, обвиняя в ереси, а также во многих других испанских городах. При этом с испанским двором отношения у новоиспеченного ордена складывались трудно. Новый, более свободный образ монашеской жизни, как и особая приближенность к папе не понравились доминиканцам, работавшим у короля. Также они раскритиковали «Духовные упражнения». Зато король Португалии Жуан III принял иезуитов как родных. Пожалуй, ни в какой другой стране монархи не оказывали Обществу Иисуса такую поддержку. Но, как ни странно, начало португальской миссии нельзя назвать удачным. Ее провинциалом назначили Симона Родригиша, который, будучи весьма неуравновешенным человеком, то позволял своим подчиненным слишком много, то, наоборот, сверх меры закручивал гайки. Он очень любил внешние эффекты и устраивал совершенно безумные покаянные шоу, дискредитируя орден. Только после устранения Родригиша иезуитам удалось снова восстановить свою репутацию в Португалии.
Общество Иисуса вовсе не ограничивало свою деятельность Европой. Еще при жизни Лойолы иезуиты начали работать в Индии, Японии, Эфиопии и на Американском континенте. Главным индийским миссионером стал Франциск Ксаверий, тот самый представитель золотой молодежи, который поначалу не мог обходиться без слуги и видел свое будущее лишь в высшем обществе. К началу 1540-х годов от его снобизма не осталось и следа. Услышав, что его посылают в Индию вместо заболевшего Бобадильи, он сказал: «Конечно. Вот я!» После чего спешно отправился чинить свои старые штаны и сутану перед далеким путешествием, поскольку новой одежды ему не полагалось согласно данным обетам.