Осенью 1917 г. Федотов поступил на работу в отдел истории Публичной библиотеки, где познакомился с философом А. А. Мейером и известным религиозным деятелем А. В. Карташевым, под воздействием которых развивалось его религиозно-христианское мировоззрение.
В советские годы Федотов работал переводчиком в разных издательствах, писал статьи о европейской культуре. В 1924 г. вышла единственная изданная в России книга Федотова «Абеляр». В этой книге трагическая судьба религиозной личности была показана как отражение историко-культурной эпохи. Эта тема станет одной из ведущих в трудах Федотова, посвященных разным конкретно-историческим условиям.
Критическое отношение к советской действительности, трудности быта, гонения на свободную творческую мысль заставили Федотова эмигрировать из России. В 1925 г. он поселился в Париже. В научном творчестве он успешно сочетал темы западной и российской истории. Для многих российских эмигрантов-интеллектуалов, как и для Федотова, обращение к России, ее истории и культуре являлось не только академическим занятием, но и актуальной жизненной темой. Труды Федотова разных лет «Святой Митрополит Московский», «Святые Древней Руси», «И есть, и будет», «Социальное значение христианства», «Эсхатология и культура», многочисленные статьи в евразийских «Верстах», в бердяевском «Пути», в издании Керенского «Новая Россия», в «Современных записках», в «Новом журнале» и в других органах печати сохраняют научную ценность и по сей день. Этому способствовали высочайший профессионализм и талант ученого.
Значительным событием в эмигрантской общественной мысли был выход в свет журнала «Новый град» (1931–1939), в котором Федотов, наряду с Ф. А. Степуном и И. И. Бунаковым-Фондаминским, играл ведущую роль. Создатели журнала были единодушны в осознании несовершенства и несостоятельности духовной атмосферы современности, европейских демократических режимов, тоталитарного государственного устройства, фашистских государств, Советской России и глубоко осознавали необходимость обновления европейской и российской жизни. Журнал по существу создавал программу Возрождения новой демократической России, в которую Федотов внес значительный вклад. Новаторство «Нового града» состояло в синтетическом подходе к осмыслению общественно-политической обстановки, в которую включались проблемы западной и российской истории, современности, темы культурной и духовной жизни общества.
Научно-публицистическое наследие Федотова в эмиграции высоко оценивалось современниками. Его признавали незаурядным мыслителем, талантливым автором созданной им «философии истории», или «философии культуры», а также блестящим стилистом, художником слова. Полемическое искусство Федотова оценивалось как выражение бескомпромиссной нравственной позиции и независимости суждений.