Но в сентябре Горбачев заявил, что нужно переделать программу, взяв самое ценное из программы правительства Рыжкова и из "500 дней". Ельцин с мнением Горбачева не согласился. А ведь совсем недавно пугал народ тем, что союзное правительство хочет роста цен, не думает о населении.
В итоге, и программа Рыжкова, и "500 дней" оказались в изгнании, а ВС СССР дал Горбачеву полномочия на создание третьей экономической программы. В январе 1991 был сформирован Кабинет Министров, во главе с В.Павловым, который и начал осуществлять новую программу.
В декабре 1990 Горбачев назначил нескольких консервативно настроенных коммунистов на высшие посты в руководстве страны: Г. Янаева, В. Павлова, Б.Пуго, вызвав этим назначением недовольство Ельцина и его окружения.
В январе 1991 года советские войска взяли Вильнюсский телецентр, и именно Ельцин в тот момент отправился в Таллинн. С его подачи были предотвращены свержения национал-демократических правительств в республиках Прибалтики. 19 февраля 1991 Ельцин с экранов телевидения критиковал политику правительства и требовал отставки Горбачева.
20 февраля, в пику этой речи Ельцина, выступила зампред ВС РСФСР С. Горячева с т. н. "заявлением шести", подписанным Б.Исаевым, В. Исаковым, Р. Абдулатиповым и заместителями этих троих. После чего начался сбор подписей за созыв III съезда народных депутатов РСФСР, с тем, чтобы на нем поставить вопрос об отстранении Ельцина с поста Председателя ВС РСФСР.
17 марта 1991 прошел референдум, на котором большинством голосов "за" подтверждалось сохранение СССР, и была подтверждена необходимость ввода в РСФСР президентской должности. 28 марта открылся Съезд. Его решением проведение выборов Президента республики назначено было на 12 июня.
5 апреля съезд предоставил Председателю дополнительные властные полномочия.
23 апреля 1991 Горбачев, Ельцин и главы восьми союзных республик (кроме прибалтийских, Армении, Грузии и Молдавии) приняли соглашение "9 + 1", в соответствии с которым планировалось разработать новый Союзный договор, с сохранением рамок СССР, но с предоставлением бОльшей самостоятельности республикам.
В апреле Ельцин съездил в Кузбасс для усмирения бастующих шахтёров.
Весной 1991 года наблюдался рост критики действий Ельцина со стороны деятелей "Демократической России". Однако, это движение все-таки оказало Борису Николаевичу поддержку в избирательной кампании по выборам в Президенты РСФСР. Ельцин был прекрасным эмоциональным оратором: он клялся и божился, что "ляжет на рельсы" в том случае, если, после его прихода к власти, произойдет повышение цен. Народ был в восторге от Ельцина. Многие простые граждане, выслушав его выступления на митингах, повторяли уже дома: "вот теперь мы наконец-то заживём!"