После отстранения Ельцина по Москве и Свердловску прокатилась волна митингов и пикетов, — в защиту любимого лидера. Ельцина назначили на "утешительный" пост зампреда Госстроя СССР, а следующей весной его вывели из кандидатов в члены Политбюро.
Весной 1988 Ельцин с трудом добился избрания на XIX партконференцию, — депутатом от Карелии. В своей речи на Партконференции критиковал отставание КПСС от общего хода перестройки, ратовал за введение всеобщих, тайных, прямых выборов органов партии.
Победил на выборах народных депутатов в марте 1989 от избирательного округа? 1, крупнейшего в стране. Основной упор в его программе шел на борьбу с номенклатурными привилегиями. На Первом съезде народных депутатов стал членом ВС СССР, благодаря доброхоту Алексею Казаннику, отказавшемуся от своего членства в пользу Ельцина. В сентябре 1989 прошли первые слухи о покушении на Ельцина, — "купание в реке", — которые не удалось подтвердить или опровергнуть. Ходили также сплетни, что в воду его окунул гость его подруги, который прибыл в гости раньше Ельцина.
В 1989 году Борис Николаевич посетил Штаты, выступал с лекциями о современной жизни в СССР. Итальянская газета "Республика" опубликовала статью о том, что Ельцин, якобы, часто представал пьяным перед аудиторией. Ошибкой явилась перепечатка той статьи в "Правде": советские граждане сочли статью происками империализма, и не захотели верить наветам на своего кумира. В 1990 на Первом съезде народных депутатов РСФСР, благодаря поддержке блока "ДР", Ельцина избрали Председателем ВС РСФСР. Горбачев был против избрания Бориса Николаевича на этот пост.
Замами стали в основном консерваторы. Сам Казбеков первым замом прошел со скрипом. Председателем Совмина РСФСР стал И. Силаев. 12 июня прошлого, 1991 года, Съезд принял Декларацию о суверенитете России, включая приоритет дел республиканских над союзными. Через четыре дня объявили о создании Конституционной комиссии. Началась "война законов".
На XXVIII съезде в июле 1990 партии Ельцин демонстративно вышел из КПСС, бросив партбилет, мотивировав показательную акцию обещанием, данным своим сторонникам, о выходе из всех поголовно партий и движений, в случае его избрания ПредСовмина РСФСР.
Летом 1990 Ельцин объездил Башкирию и Татарию, призывая местное население "взять ту долю власти, которую способны переварить". Постоянно намекал на возможное повышение цен, планируемое союзным правительством.
В последний день июля 1990 Ельцин и Горбачев заключили соглашение, в соответствии с которым была начата разработка программы реформ экономики, под названием "500 дней", — группой Явлинского и Шаталина.