Предполагалось реформировать и систему высшего образования. Так, правительством был разработан новый Университетский устав, предоставлявший высшей школе широкую автономию: возможность выбора ректора, значительная сфера компетенции Совета университета и т. д. Вместе с тем, устанавливались четкие правила функционирования студенческих объединений и организаций, что должно было способствовать сохранению здоровой академической обстановки в стенах учебных заведений. Правительство считало необходимым привлечь общественность к делу развития образования. Именно в годы столыпинских преобразований были разработаны положения о негосударственных Московском археологическом институте, Московском коммерческом институте, Народном университете имени А.Л. Шанявского.
Столыпин полагал, что правильно поставленное образование должно оградить высшую школу, студенчество от увлечения разрушительными идеями. Он писал: «Аккомодация к общественному мнению, к настроению в деле народного просвещения была бы самым тривиальным и бесплодным оппортунизмом. И в этом деле надо путь держать по звездам, а не по блуждающим огням! А руководствуемся мы с вами, я полагаю, тем же созвездием. Я видел развал школы, я знаю русского революционера, благодушного неуча, думающего достигнуть высшего совершенства, взамен длинного и торного пути воспитания ума и воли, одним скачком… с бомбою в руках по направлению к власти! И я думаю, я убежден, что спасти нашу молодежь, а следовательно, и Россию, может только реформа школы, последовательная и, может быть, суровая, как сама логика».
При этом развитие системы образования понималось П.А. Столыпиным в «связке» с ростом научного знания и накопления культурных богатств. В годы реформ правительство активно финансировало фундаментальные исследования, научные экспедиции, академические издания, реставрационные работы, театральные коллективы, развитие кинематографа и т. д. В период премьерства П.А. Столыпина было подготовлено детально разработанное «Положение об охране древностей»; было принято решение о создании Пушкинского дома в Санкт-Петербурге; были поддержаны многие проекты по организации музеев в различных частях империи.
Правительство создавало благоприятную среду для дальнейшего поступательного развития русской культуры и приобщения к ней все большего числа граждан России. По сути дела, так реализовывалось право человека на достойную жизнь, подразумевавшую возможность получения качественного образования и приобщения к культурным богатствам страны.