Итак, деятельность Столыпина на посту министра внутренних дел протекала в условиях острой борьбы между сторонниками самых разных моделей преобразования страны. Премьер-министр, умело использовавший предшествующий опыт деятельности на постах предводителя дворянства и губернатора, выработал собственную политическую линию и планомерно проводил ее в жизнь.
Вместе с тем, у Столыпина были трудности и «внутреннего» порядка. Помимо объективных факторов, оказывавших тормозящее влияние на проведение столыпинских преобразований, имели место определенные технологические просчеты. Несмотря на неоднократные и настойчивые попытки добиться единства действий министерств и ведомств в реализации реформистского курса, Столыпину так и не удалось преодолеть «разнобой» в действиях их руководителей, которые к тому же не всегда разделяли до конца позицию премьера. Имея, как известно, право личного доклада царю, отдельные министры располагали вполне реальными возможностями тормозить реформы. С.И. Тимашев вспоминал: «Если П.А. Столыпину удалось объединить правительство в высшей инстанции — Совете министров, то существовавшее издавна соперничество и прения низших ведомственных инстанций между собой этим не устранялись. А в них и коренилось то великое зло, которое всегда мешало правильному ходу государственного механизма, делая его наименее продуктивным при наибольшей затрате сил и энергии». Не была до конца преодолена и асинхронность в ходе разработки в министерствах и ведомствах законопроектов и представления их на обсуждение в Совет министров и в Думу, что приводило к тому, что действительно крупные проекты «тонули» в так называемой законодательной «вермишели».
Столыпину пришлось столкнуться с такими трудностями, как финансовое и кадровое обеспечение реформ. Несмотря на динамичный рост доходов государственного бюджета, все же ощущалась нехватка средств для проведения именно крупномасштабных преобразований, которые должны были реализовываться фактически одновременно, ибо были логически увязаны в единую «цепочку» друг с другом. Огромные ассигнования (3,5 млрд руб.) шли на реорганизацию армии и флота, «пожирая» значительную долю всех бюджетных средств. Пришлось буквально «с колес» решать и кадровую проблему.
Думается, Столыпиным не в полной мере использовались средства массовой информации для доведения до широкой общественности замысла правительственного курса. Хотя правительственная пресса вела пропаганду реформ, разъясняла их содержание и направленность, однако совокупные усилия были все же малоэффективны. Информация не всегда оперативно доходила до общества и особенно — до широких масс населения. В условиях масштабных преобразований требовались нестандартные пропагандистские ходы, учитывающие то обстоятельство, что значительная часть населения (особенно в деревне) была неграмотна. Однако «подлежащие ведомства» не утруждали себя продумыванием методики всестороннего идеологического обеспечения программы преобразований.