Возглавил контрольно-ревизионную коллегию член ВЧК В.И. Савинов. Он являлся сотрудником ВЧК почти с самого ее основания, с марта 1918 г. входил в состав ее членов и до назначения в контрольно-ревизионную коллегию был заместителем начальника и заведующим секретной частью спекулятивного отдела. От Московского комитета партии в коллегию вошел бывший военком Сокольнического района Ф.Д. Медведь. К сентябрю 1918 г. контрольно-ревизионная коллегия при ВЧК состояла уже из пяти членов
[109].
Еще одним подразделением при ВЧК был созданный летом 1918 г. для руководства чекистскими отрядами Военный штаб. С марта по конец апреля 1918 г. численность вооруженных формирований ВЧК в центре серьезно возросла за счет прикомандирования нескольких отрядов. 18 марта 1918 г. после включения в состав ВЧК отряда балтийских матросов под командованием А.Я. Полякова чекистские отряды было решено объединить в единый боевой отряд под временным руководством члена оперативного штаба С.П. Чернова. 8 апреля 1918 г. Дзержинский обратился в МВО с просьбой передать в ВЧК прибывший из Гельсингфорса Красный советский финляндский отряд, получил согласие, и 13 апреля он был признан за основной в боевом отряде. Общее руководство боевым отрядом было возложено на оперативный штаб, который возглавил Д.И. Попов, а Чернов стал его помощником[110].
Самостоятельным был оставлен только Свеаборгский отряд ввиду надежности его личного состава из-за довольно высокого процента коммунистов, причем был признан желательным переход свеаборжцев на оперативную работу в качестве комиссаров и разведчиков. Кроме того, в него не были включены отряды шоферов и разведчиков. Фактически боевой отряд представлял собой лишь группу чекистских вооруженных формирований, располагающихся в столице, и как мощная боевая единица до конца оформлен не был. Его функциями были несение караула, охрана ВЧК, участие в подавлении антибольшевистских восстаний, а до середины мая — и производство облав, арестов и обысков. 15 мая ВЧК постановила лишить отряд права самостоятельно производить операции обысков и арестов и не выдавать на него книги ордеров. С этого времени участие бойцов отряда в этих операциях носило эпизодический характер. Боевой отряд находился в распоряжении Президиума ВЧК.
На 1-й Всероссийской конференции ЧК с докладом о необходимости создания особого корпуса, включающего уже не только отряд ВЧК, но и вооруженные формирования местных чрезвычайных комиссий, выступил член ВЧК Полукаров. По его докладу конференция приняла соответствующее постановление. Согласно ему корпус должен был являться подразделением при ВЧК. Во главе его стоял председатель Комиссии, при котором создавался военный штаб из четырех лиц (членов ВЧК), распределяющий оперативные, строевые, инструкторские, инспекционные и снабженческие функции. 13 июня в соответствии с решением конференции ВЧК подчинила отряды в центре организованному военному штабу, который начал функционировать спустя примерно месяц.