В его состав, помимо начальника и секретаря, входили заведующие снабжением, оперативной и дежурной частями. Создание же самого корпуса пока осталось только проектом. Первым начальником военного штаба был назначен военком Западного фронта подполковник царской армии В.В. Каменщиков[111]. На данном посту он пробыл недолго. Уже 1 августа Каменщикова откомандировали в распоряжение Наркомвоенмора, и врид начальника штаба был назначен его помощник Полукаров. 1 октября 1918 г. Полукарова сменил полковник старой армии К.М. Валобуев, до своего назначения командовавший Московской резервной дивизией. Однако до декабря 1918 г. и он оставался врид начальника штаба, возможно, по причине позднего вступления в партию — в 1918 г. Таким образом, перед чекистским руководством встала проблема подбора руководителя чекистского войскового штаба, имеющего, с одной стороны, серьезный военный опыт, а с другой — дореволюционный партийный стаж. Однако решить ее в то время так и не удалось, и Валобуев в декабре 1918 г. был утвержден в своей должности. В ноябре 1918 г. все закрепленные за центральным чекистским аппаратом отряды были объединены в 1-ю отдельную роту ВЧК, командовать которой стал комендант ВЧК Я.М. Дабол.
Все возраставшее число политзаключенных потребовало создания 18 марта 1918 г. Тюремного отдела, который возглавил Д.Г. Евсеев. Отдел не имел своего аппарата и в июле 1918 г. на правах отделения был передан в комендатуру (Евсеев еще в июне стал работать инструктором-инспектором Иногороднего отдела и, кроме того, входил в Военный штаб). После объявления «Красного террора», в связи с передачей 16 сентября 1918 г. Бутырской тюрьмы из Наркомюста в ВЧК, Тюремный подотдел стал мощной структурой в системе лубянского ведомства, хотя и оставался формально в системе комендатуры. Подразделение возглавил Я.А. Бялогродский, одновременно назначенный комендантом Бутырской тюрьмы[112]. С этого времени в чекистском ведомстве сложилось положение, когда заведующий Тюремным отделом одновременно руководил главной подведомственной ВЧК тюрьмой (впрочем, оно не всегда соблюдалось).
После роспуска Оргкомиссии 24 февраля 1918 г. прием новых служащих осуществлялся через чекистский Президиум. Однако после переезда в Москву Дзержинский сделал попытку взять кадровые вопросы под свой личный контроль. 18 марта на заседании ВЧК, где присутствовали Дзержинский, Александрович, Гуркин, Ксенофонтов, Фомин, Полукаров, Емельянов, Ильин и Чернов, было решено, что каждый отдел обязан сообщать о поступающих на службу председателю ВЧК. Только с согласия последнего те могли считаться принятыми, а зарегистрированными они должны быть в создаваемом столе личного состава.