Таким образом, к осени 1918 г. состав высшего руководящего чекистского органа был значительно сокращен и упорядочен. Если ранее в него входили начальники отрядов, руководители хозяйственных подразделений, то теперь членами ВЧК, помимо ее руководства (председателя, заместителя и секретаря), были только руководители главного отдела — контрреволюционного, заведующие другими «линейными» отделами, и только двое являлись руководителями подразделений при ВЧК — контрольно-ревизионной коллегии и штаба чекистских войск. Эти изменения диктовались обстановкой разгорающейся Гражданской войны и проведением «красного террора», требовавшими максимальной унификации чекистского руководящего ядра.
На волне массовой критики ВЧК начали предприниматься попытки изменения ее организационных форм. 1 октября 1918 г., заслушав вопрос о взаимоотношениях ВЧК и ЧК с другими комиссариатами, чекистское руководство отметило, что ВЧК с ее корпусом войск является органом Совнаркома и ЦИК и только ему подконтрольна. Этим заявлением оно стремилось как бы уйти от многочисленных обвинений в самоуправстве и произволе. В рамках практической реализации этого своего тезиса была создана комиссия из Петерса, Полукарова и Фомина, которой было поручено разработать положение о ВЧК и ее взаимоотношениях как в центре, так и на местах для представления такового на утверждение ЦИК и Совнаркома.
С 15 ноября 1918 г. руководство ВЧК начало реформирование структуры ведомства. В первую очередь Президиум ВЧК вынес постановление организовать для местной московской работы самостоятельный орган — Московскую ЧК (МЧК), председателем которой сделать, по совместительству, председателя ВЧК.
Созданная ЧК должна была не только подчинить себе районные комиссии, но и включать подразделения, отвечающие за направления чекистской деятельности в столице (отделы по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и т. д.). 24 ноября 1918 г. специальная комиссия, рассмотрев вопрос о сроке передачи дел и личного состава от ВЧК к МЧК, поручила каждому отделу ВЧК подготовить списки сотрудников. Из сопоставления анкет переписей служащих ВЧК сентября 1918 г. и коммунистов МЧК декабря 1918 г. видно, что примерно две трети сотрудников МЧК ранее работало в ВЧК. Это подтверждает то, что сокращение чекистского центрального аппарата к началу 1919 г. произошло главным образом за счет перевода части его сотрудников в МЧК.
Стремлением показать ВЧК подчиненной Совнаркому, каждое из ведомств которого имело свой верховный орган — коллегию с довольно четко очерченными функциями, — явилось принятое чекистским руководством 15 ноября 1918 г. положение о Коллегии ВЧК из 9 членов во главе с председателям, в свою очередь, выделяющей из своего состава президиум нового типа в в составе 5 человек: председатель, два заместителя, секретарь и член президиума