Члены ВЧК избирали из своей среды узкий Президиум, осуществляющий руководство всей деятельностью Комиссии. 26 апреля структура Президиума была более четко регламентирована: председатель, два его помощника и два личных секретаря, назначаемых по выбору председателя. При этом если одним из секретарей при Президиуме в течение 1918 г. и в начале 1919 г. (до марта) был Г.Н. Левитан, то на посту второго секретаря с весны 1918 до февраля 1919 г. (с перерывом в осень 1918 г., когда секретарь был один) успело побывать как минимум 4 человека: В.Г. Гриш, А.М. Лидэ, С.Ф. Реденс (назначенный в начале декабря, этот пост он занимал недолго и вскоре стал личным секретарем Дзержинского — ранее эти должности совмещались) и Г.М. Мурнек. Менялся и состав самих членов Президиума. 3 мая на заседании ВЧК был заслушан вопрос о выборах двух товарищей председателя Комиссии, из которых один — на время отсутствия Александровича, и последним стал замначальника отдела по борьбе с контрреволюцией Г.Д. Закс (в отделе на его место был назначен спустя несколько дней А.М. Трепалов). 13 мая в Президиум был введен Евсеев, который наряду с Заксом стал фактически зампредом.
На начало мая 1918 г. в состав членов ВЧК входили председатель Ф.Э. Дзержинский, товарищ (заместитель) председателя В.А. Александрович, секретари И.К. Ксенофонтов и И.И. Ильин, заведующий отделом по борьбе с контрреволюцией И.Н. Полукаров, его заместитель Г.Д. Закс, заведующий бюро разведки этого отдела В.П. Янушевский, его заместитель В.В. Артишевский, заведующий отделом по борьбе со спекуляцией В.В. Фомин, его заместитель В.И. Савинов, заведующий отделом по борьбе с преступлениями по должности М.Н. Гуркин, заведующий информационным и казначейским отделами Я.Х. Петерс, заведующий тюремным отделом Д.Г. Евсеев, заведующий хозяйственным отделом М.Ф. Емельянов, заведующий отделом хранилищ П.Ф. Сидоров, начальник штаба боевого отряда Д.И. Попов, его помощник С.П. Чернов, комиссар 1-го Всероссийского социалистического отряда, прикомандированного к ВЧК, В.Л. Панюшкин, представитель Совнаркома Москвы и области И.С. Кизильштейн. Кроме того, на правах члена ВЧК в тот период состоял секретарь при Президиуме В.Г. Гриш[115].
В конце сентября 1918 г. членами ВЧК были: председатель Дзержинский, его заместитель Петерс, секретарь Ксенофонтов, заведующий контрреволюционным отделом Н.А. Скрыпник, его первый заместитель В.Н. Яковлева, второй заместитель и заведующий военным отделением Янушевский, заведующие спекулятивным и иногородним отделами Фомин, отделом должностных преступлений А.И. Пузырев, председатель контрольно-ревизионной коллегии Савинов, врио начальника военного штаба Полукаров и председатель созданной в июле 1918 г. ЧК Восточного фронта М.Я. Лацис, ранее руководивший контрреволюционным отделом ВЧК.