После сражения у острова Мидуэй стало известно, что не смотря на мирные инициативы, война может принять затяжной характер. Морской Генеральный Штаб был вынужден обратиться в Высший военный совет с предложением отказаться от реализации всех кораблестроительных программ и выработать новую, отвечающую текущим потребностям флота. Эта программа была разработана и принята парламентом в середине 1942 г. Она известна как «Второй вариант программы 1942 г.». По существу, в ней повторялся «Первый» вариант 1942 г. А именно: приостановить постройку линейных кораблей и за счет освободившихся средств заказать сразу 5 тяжелых авианосцев типа «Тайхо» (заказы N N 801, 802, 5021–5023) и 15 АВ типа «Унрю», являвшихся развитием «Хирю» и классифицировавшихся как легкие авианосцы. Теперь же окончательно прекращалась достройка уже заложенных линкоров типа «Ямато», за исключением «Синано». Аннулировали заказы на линейные крейсера, крейсера типов усовершенствованный «Могами» и усовершенствованный «Ойода», а постройку остальных лёгких крейсеров — приостановили. Тем ни менее мощности стапелей все равно не хватало и заложили только 3 корабля типа «Унрю» и 1 типа усовершенствованный «Тайхо». Недостроенный тяжёлый крейсер «Ибуки» (головной в серии усовершенствованный «Могами») начали переоборудовать в легкий авианосец. Основные мощности бросили на постройку 56 эсминцев, 376 эскортных кораблей различного типа, 149 десантных судов, 100 тральщиков. Запланировали заложить 21 подводную лодку, пять из которых строились с учётом инноваций субмарины «посланцев богов» «Сорю»2.
Помимо кораблей, строившихся по заказу флота, Япония располагала армейскими судами. Хотя армейскими они были только по названию, экипажи этих кораблей формировались флотом. Десантные суда находились в ведении флотских офицеров, руководивших теми или иными операциями. Первым судном заказанным армией, стал турбинный «Синсю-Мару» водоизмещением 12000 т. и скоростью 19 узлов. Оно предназначалось для перевозки войск в северный Китай. «Синсю-Мару» несло 20 плашкоутов «Дайхатсу» и 20 самолетов, при этом судно принимало на борт до 2200 десантников. В 1939 г. и в 1941 г. Армия закупила еще 2 судна «Акицу-Мару» и «Нигицу-Мару». При водоизмещении 11800 т. и скорости 20 узлов они имели полётную палубу и брали на борт до 20 легких самолетов и 20 десантных катеров. В корме оборудовались специальные двери для выгрузки/погрузки десантных средств или плавающих танков. Для Армии налаживали строительство ещё 3-х типов специальных десантных судов, предназначавшихся для действий у побережья, классифицировавшихся как самоходные десантные баржи.