Общая масса металлической и прозрачной брони на самолете Ил-40 вместе с креплениями равнялась 1918 кг.
В носовой части фюзеляжа, крепившейся к передней стенке бронекорпуса, размещались шесть пушек НР-23 калибра 23 мм, а также передняя опора шасси в убранном положении и часть оборудования. Пушки имели темп стрельбы 800 выстрелов в минуту. Их установили по три с каждого борта, причем концы стволов выступали из носовой части фюзеляжа. Боезапас пушек состоял из 900 снарядов - по 150 снарядов на пушку.
Хвостовая часть фюзеляжа, крепившаяся к задней стенке бронекорпуса, несла вертикальное оперение, на половине высоты которого установили неподвижное горизонтальное оперение. Кроме того, в ней разместили агрегаты специального оборудования самолета. По бокам и снизу хвостовой части фюзеляжа имелись три больших тормозных щитка с перфорированной поверхностью, которые, открываясь в полете на угол до 50*, улучшали характеристики маневренности самолета над полем боя, облегчая тем самым атаку наземных целей с пикирования.
Завершала хвостовую часть фюзеляжа подвижная кормовая пушечная установка Ил-К10, дистанционно управляемая из кабины стрелка и предназначенная для защиты задней полусферы самолета от атак воздушного противника и поражения наземных целей после выхода штурмовика из атаки. Установка имела одну пушку ТКБ-495А с боезапасом 200 снарядов, которая с помощью электрогидравлического следящего привода отклонялась на 48* вверх, 40* вниз и 60* вправо и влево. Максимальные угловые скорости вращения оружия составляли 42*/с в горизонтальной плоскости и 38*/с - в вертикальной.
Трапециевидное в плане крыло площадью 52,3 м2 имело аэродинамическую компоновку из профилей ЦАГИ СР-10с-12 с относительной толщиной 18,44 % у корня и СР-11-12 с относительной толщиной 12,86 % на конце. Конструктивно крыло состояло из трех частей: центроплана, неразъемно соединенного с бронекорпусом, и двух отъемных частей. На центроплане имелся отклоняемый посадочный щиток, а на отъемных частях крыла устанавливались выдвижные закрылки типа "ЦАГИ".
Большая относительная толщина крыла позволила иметь достаточные объемы для уборки главных опор шасси и размещения четырех небольших бомбоотсеков для внутренней подвески в каждом бомб массой до 100 кг. Под центропланом и отъемными частями крыла установили четыре балочных держателя, на которые могли подвешиваться две бомбы массой по 500 кг или реактивные орудия типа ОРО с неуправляемыми снарядами ТРС-132 и ТРС-82, или подвесные топливные баки (на держателях под центропланом) общей емкостью 1100 л.