Этот период характеризуется появлением кланов, делавших акцент на прикладной аспект искусства, на развитие эффективных шпионско-диверсионных техник. Наметился резкий уход от духовных корней сюгэндо. Из мистико-эзотерических знаний и практик было оставлено лишь то, что имело практическую ценность при выполнении заданий. По сути дела нин-дзютсу выделилось в отдельное от сюгэндо направление. Страх, вселяемый ниндзя, оттолкнул от них крестьян и простолюдинов. «Ночные призраки» стали как бы островком в океане ненависти и страха. Резко изменился внутренний уклад школ нин-дзютсу, превратившихся в боевые организации. В целях безопасности прием людей в школы со стороны был резко ограничен. Соблюдалась строжайшая секретность в деятельности клана, держались в тайне количество и имена членов организации. Четкие контуры приобрели система иерархии: роль мозгового центра осуществлял ниндзя высшего ранга — ДЗЕНИН (яп.дзе— верхний). Дзенин решал стратегические вопросы: определял политику клана, входил в контакты с дзенин других школ, знатными заказчиками операций и т. п. ТЮНИН (яп.тю— средний) решал текущие тактические задачи: назначал непосредственных исполнителей, занимался подготовкой рядовых воинов, руководил проведением операций контрразведки. ГЭНИН (яп.гэ— нижний) член клана низшего ранга, занимался выполнением заданий, именно он рисковал жизнью и погибал в случае неудачи. Большую часть времени гэнин проводил в упорных, порой жестоких тренировках, от этого зависело выполнение задания и его жизнь. Как правило, группа гэнин контактировала только с одним тюнин, зачастую даже не зная имени своего дзенин. Делалось это для того, чтобы, попав в плен, ниндзя не мог дать информацию о составе клана. Членство в школе скреплялось клятвой, нарушение которой каралось смертью.
Во время «золотого века» образовалось около 25 новых школ-рю (к XVII в. всего насчитывалось около 70 рю), в основном в центральных провинциях ИГА и КОГА. Именно эта часть Японии считается исторической и географической родиной нин-дзютсу. Здесь находились и две самые крупные и влиятельные организации Ига-рю и Кога-рю. Несмотря на множество других школ, ни одна из них не смогла достичь их уровня. Территория провинции Ига делилась на зоны влияния трех старейших школ: Хаттори-рю, Момоти-рю и Фудзибаяси-рю. Клан Момоти господствовал в южной части провинции, Хаттори в центре, Фудзнбаяси же — в северной части, кроме того, он еще курировал и южную область провинции Кога. Таким образом. в этот клан входили ниндзя из обеих провинций. В то же время горные районы Кога управлялись более чем 50-го различными кланами.