Новый рыцарский орден до поры до времени подчинялся непосредственно рижскому епископу. Меченосцы получили от Папы Римского устав тамплиеров, а первым их магистром стал Винно фон Рорбах: «В это же время брат Теодорих, предвидя вероломство ливов и боясь, что иначе нельзя будет противостоять массе язычников, для увеличения числа верующих и сохранения церкви среди неверных учредил некое братство рыцарей христовых, которому господин папа Иннокентий дал устав храмовников и знак для ношения на одежде – меч и крест, велев быть в подчинении своему епископу» (Генрих Латвийский, с. 82). В 1207 году была достигнута принципиальная договоренность между епископом Рижским и руководством ордена о том, что из захваченных земель 1/3 остаются под властью братьев-рыцарей, а остальные отходят епископам Рижскому, Дерптскому и Эзельскому. Уже само это положение подразумевало, что без дела меченосцы сидеть не будут, а понесут слово Божие всем окрестным племенам и народам. В те места, куда смогут дотянуться длинные руки католических прелатов.
Боевая организация нового ордена ничем существенным не отличалась от той, которая была принята в военно-монашеских организациях тамплиеров, госпитальеров и тевтонцев. Главной ударной силой меченосцев была тяжелая конница, костяк которой составляли братья-рыцари. Защитное снаряжение рыцаря было традиционным: длинная кольчужная рубаха с капюшоном, кольчужные чулки с металлическими наколенниками и горшковидный шлем, украшенный фигурами представителей животного мира. Вооружение, как того требовал устав, было без украшений, прочным и удобным. Состояло оно из пики, длинного меча, кинжала, булавы или боевого топора. Поверх доспехов надевалась белая мантия с эмблемой ордена, а завершал снаряжение рыцаря треугольный щит. В распоряжении меченосца было также три лошади: одна – для боя, а остальные – для перевозки снаряжения. Рыцаря сопровождали двое оруженосцев.
Помимо собственно братьев-рыцарей, под знаменем ордена сражались и служащие братья. Это были выходцы из незнатных слоев населения, которые в силу своего происхождения не могли занимать высокие командные должности. Хотя они так же принимали монашеские обеты и имели те же права, что и рыцари. Оружие и снаряжение служащих братьев ничем не отличались от рыцарского, хотя одежда и была более скромной, коричневого или серого цвета, с нашитой эмблемой ордена. Сражаться они могли как в пешем строю, так и в конном, используя те же тактические приемы, что и их благородные собратья, поскольку выучка была практически одинакова. И еще один немаловажный момент: в качестве служащих братьев на стороне ордена воевали немало арбалетчиков и лучников, роль которых особенно возрастала во время обороны и штурма городов и замков. Мастерство стрелков ценилось необычайно высоко, поскольку требовало длительной подготовки и обучения. Не случайно командованию ордена иногда приходилось нанимать за плату целые отряды лучников и арбалетчиков.