Растерянность, которая охватила представителей советской власти, была вполне объяснима – на тот момент многие местные руководящие партийные и советские работники находились в Москве на V Всероссийском съезде Советов. Среди них был главный комиссар охраны Северных железных дорог Руцкой. Он, уже находясь в Москве, получил утром 6 июля по телеграфу тревожные новости из Ярославля. В отчете он сообщал: «Нами получена запись по аппарату от Комиссара охраны Ярославского района Лагодюка о нападении на станцию белогвардейцев якобы чехословаков, где и разоружили охрану, но подоспели красноармейцы, и станция была очищена. Тут же было сообщено, что арестована Советская власть, но кем точно – неизвестно». Несколько позже приходят сведения, что выступление в городе было организовано правыми эсерами. Подобная версия долгое время сохранялась в советской историографии, а само белогвардейское восстание в Ярославле нередко ошибочно именовалось «эсеровским мятежом». Впрочем, в тот день очень многие выдвигали самые разные версии, в том числе рядовые горожане. Например, переживший события июля 1918 года в Ярославле некто А. Божевиков так описывал общее настроение: «6-го июля я проснулся от пулеметной трескотни, подумал, что идет практическая стрельба, и не стал беспокоиться и опять заснул; проснувшись часов в 8 утра, стрельбы не было, одевшись, поспешил в очередь к продлавке за хлебом. В то время как мы стояли в очереди, провезли несколько орудий по направлению к Загородному саду, уже были слухи, что белыми взят город, но что-то не верилось, потому что все было спокойно, также ходили слухи, что белыми взяты Кострома, Рыбинск и даже Москва и что большевики везде сдаются без сопротивления, т. к. на подмогу белым идут Англо-Французские войска. С 10 ч. утра послышались все более и более ожесточенные ружейные выстрелы и трескотня из пулемета, пошли слухи, что убито белыми несколько большевиков, и где-то организован Белогвардейский штаб, куда вся буржуазная и несознательная молодежь спешила, чтоб взяться за винтовку и свергнуть еще не вполне окрепшую Советскую власть».
В Москве многие в тот день еще не понимали серьезности того, что происходило в Ярославле. Например, начальник охраны железных дорог Руцкой лишь сделал «выговор за допущение к разоружению железнодорожной охраны и приказал добыть оружие и вооружить вновь Охрану и всеми силами отстаивать вокзал и не допускать захвата железнодорожной территории». Одновременно с этим Руцкой, впрочем, пытался попасть к Троцкому и донести до него все противоречивые новости. Он вспоминал: