В 1406 году после пожара (возможно, поджога) Венской синагоги жители города разгромили еврейский квартал. Активно преследовал евреев Альбрехт V. В 1420 году по его приказу все евреи Австрии были арестованы, 270 человек были сожжены на костре, все остальные, за исключением согласившихся креститься, были высланы из страны, их собственность конфискована, дети евреев были отданы на воспитание в монастыри. После этих страшных событий Австрия получила у евреев название «кровавой страны».
В 1457 году австрийские земли перешли во владение герцога Фридриха III. Ему удалось добиться от папы Николая V издания буллы, разрешавшей евреям жить в его наследственных владениях, в том числе в Каринтии, Штирии, Тироле. Император защищал евреев от кровавых наветов. Его хорошее отношение к евреям привело к тому, что в Австрии его стали презрительно называть «королем евреев».
Положение евреев изменилось в эпоху австро-турецких войн 1540–1547, 1551–1562, 1566–1568, 1592–1606 годов. Церковные круги обвиняли евреев в сочувствии Турции. В 1549 году был подписан указ об изгнании евреев из Австрии. Но этот указ не был исполнен полностью и часть еврейского населения осталась.
Евреям Австрии, особенно богатым евреям Вены, приходилось все время вносить в казну колоссальные суммы. Карл VI потребовал от евреев Вены 148 тыс. флоринов на покрытие расходов по коронации. В 1717 году они должны были предоставить императору заем в 1 млн. 237 тыс. флоринов.
Революция 1848 года, в которой евреи Австрии принимали активное участие, привела к радикальному изменению положения общины. Были отменены все специальные еврейские налоги. Никаких ограничений в праве на жительство больше не существовало. Евреи получили активное и пассивное избирательное право. В парламент, начавший свою работу 22 июля 1848 года в Вене, было избрано пять евреев.
Затем новая конституция Австро-Венгерской монархии (1867) отменила все правовые ограничения для религиозных меньшинств. После принятия конституции произошел стремительный рост еврейского населения Вены в результате переселения евреев из других областей Австро-Венгрии; так, в 1869 году в Вене жили 40 230 евреев, в 1890 году – 118 495, в 1919 году – двести тысяч.
В конце XIX века – начале XX века евреев Австрии отличал высокий образовательный уровень. Среди них было большое число врачей, инженеров, журналистов, адвокатов, лиц, состоящих на государственной или военной службе. Так, в 1893 году на действительной службе в армии состояло 2 179 офицеров и генералов евреев; один из них, барон Э. фон Швейцер, получил чин фельдмаршала-лейтенанта.