Вполне могло случиться, что заодно с родителями расстреляли бы и самого Алексея, но по счастливой случайности в это время в НКВД поступила разнарядка на специалистов по радиотехнике. Таковым был признан Алексей. Его отправили по этапу в Москву, и он начал трудиться вместе с другими заключенными в одном из секретных НИИ, которые много позже стали известны как «шарашки». Кстати, о том, что он находится в столице, Алексею под большим секретом сообщил такой же заключенный, как и он, с которым у него сложились дружеские отношения.
Работа, которую пришлось Алексею выполнять сразу по прибытии в «шарашку», не казалась ему особенно сложной. Надо было придумывать, конструировать и испытывать взрыватели разных типов. После того как он предложил и сделал несколько вариантов радиовзрывателей, на него обратило внимание начальство.
О том, что началась война с фашистской Германией в «шарашке» узнали сразу после ее начала. А вот о том, что дела на фронте идут плохо, пришлось догадываться самим. Особый шок заключенные пережили в середине октября 1941 года, когда их почти десять дней не выводили на работу и почти перестали кормить. Тогда они всерьез ожидали расстрела, что было вполне в духе времени и, несомненно, произошло бы в случае сдачи Москвы.
Однако пронесло. «Шарашка» вернулась к взрывателям, а в 1942 году Алексея перевели в другую «шарашку», где он снова занялся вопросами распространения радиоволн. Здесь полным ходом шли работы по созданию первых радиолокационных станций.
Тот, кто придумал «шарашки», был, наверное, хорошим психологом. Он понимал, что для увлеченного исследователя никакой другой мотивации к действию, кроме его собственного любопытства, не требуется. Если его еще и кормить более или менее прилично, он горы свернет. Алексей всегда был склонен к тому, чтобы уйти в работу с головой. Здесь, в «шарашке», для этого были созданы все условия. Кроме того, храня верность идеалам коммунизма, преданность своей стране и государству, он стремился внести максимальный вклад в победу над врагом, находясь на том месте, куда его привела судьба. И в этом своем отношении к жизни он был не одинок. В многочисленных «шарашках» и в еще большем числе сталинских лагерей было очень много людей, несмотря ни на что сохранявших веру, кто в Бога, а кто и в советскую власть. Могучая вещь вера. Она позволяет сохранить личность в самых невыносимых обстоятельствах. Иногда позволяет и выжить. Но для истинно верующего человека жизнь — не главное.
Располагая некоторыми знаниями в области радиотехники, Алексей оказался способным генерировать вполне разумные идеи, но руководили работами, естественно, другие люди, успевшие до того как попали в шарашку, получить хорошее образование. В начале 1943 года общими усилиями они сделали действующий макет радиолокационной станции, которая должна была, находясь на земле, обнаруживать, указывать направление и определять дальность до самолета на расстояниях до 100 км.