В 1250-х гг. происходит ликвидация недолго существовавшего епископства Земгальского (ок. 1217–1251). Взамен было учреждено Рижское архиепископство. Его официальный статус был подтвержден в 1255 г. папской буллой «Primatuum cathedrae» от имени Александра IV. Во вновь учрежденную митрополию входили несколько епископств. Примечательно, что это были не только ливонские епископства, но и четыре прусских (Кульмское, Помезанское, Варминское и Жемайтское). Кроме того, в фактическом ведении архиепископа также находилось ревельское епископство, еще формально зависимое от архиепископа Лунда. Но возникла одна проблема, по крайней мере в отношении Пруссии. На этой территории церковные институты были постепенно инкорпорированы в Немецкий орден (кроме епископства Вармийского). Замещение вакантных епископских кафедр находилось в зависимости от ордена. Иногда подобная сложность взаимоотношений служила причиной несогласованности при решении тех или иных вопросов. Почти невозможно было определить, кому в том или другом частном случае должен принадлежать решающий голос, что дестабилизировало внутреннюю обстановку в регионе.
Поскольку власть ливонской ветви Немецкого ордена носила несколько иной характер, в отличие от Пруссии, ввиду позиций архиепископа, то со стороны рыцарей предпринимались попытки усилить собственное влияние. Это неизбежно приводило к столкновениям с архиепископом Рижским. Следствием этого, например, стало пребывание архиепископа Фридриха почти все время своего правления (1304–1341) в изгнании, при Папской курии, в Авиньоне.
Церковь в долгу не оставалась. В 1311 г. в Ливонию прибыл папский легат Франческо де Мольяно с поручением выслушать свидетельства по жалобам на Немецкий орден.[39] Ему был предоставлен список, состоявший из двухсот тридцати жалоб. Предметом некоторых из них, например двадцать пятой, было завоевание Поморья. До сведения папы было доведено, что братья ордена напали на землю князя Краковского и Сандомирского, то есть короля Польского. Эта жалоба сама по себе не имела для духовно-рыцарской корпорации никаких последствий, но служила определенным предостережением. Ведь именно в это время был упразднен орден тамплиеров при прямом участии римского папы. Имеются свидетельства, что планы ликвидации также имелись в отношении Немецкого ордена. Возможно, не последнюю роль в этих интригах играл архиепископ Рижский, пребывавший в то время в Авиньоне.
Противоречия между ливонским магистром и архиепископом не были исчерпаны к концу XIV в., что подтвердили события на исходе лета 1388 г. Десятого августа этого года Герман фон Юкскюль передал родовой замок Икскюль (совр. Икшкиле) в залог Немецкому ордену за 4000 рижских марок. Для ордена это было стратегически важное приобретение, поскольку оно позволяло контролировать бассейн Западной Двины.