В первой половине XV в. постепенно формируется временное равновесие сил между магистром и епископской властью. В этом процессе определяющую роль играл внутриполитический кризис Немецкого ордена. С 1420-х гг. ему приходилось идти на компромисс с представителями сословий. Но сложность взаимоотношений между церковными и орденскими институтами отчетливо проявилась во второй половине XV в. В значительной степени этому способствовал архиепископ Рижский Сильвестр Стедевеер (1448–1479). Он вступил в союз с магистром, имея целью сократить вольности города Риги. Для этого стороны пришли к компромиссу: с 1452 г. город управлялся одновременно и орденом, и архиепископом.[41] Но затем, примирившись с бюргерами, Сильвестр кардинально изменил вектор своей политики, выступив их союзником уже в борьбе против ордена.
Борьба вновь обострилась после 1466 г., когда Немецким орденом в Пруссии был подписан Второй Торуньский мир, в значительной степени подорвавший влияние духовно-рыцарской корпорации принесением вассальной присяги польской короне. Ливонская ее ветвь осталась в стороне, настояв на своей независимости и не ощутив на себе прямых последствий подписания невыгодного договора.[42]
Однако, рассчитывая на слабость ордена, архиепископ Рижский вновь поднял спорные вопросы. Не последнюю роль сыграл вассал епископа Курляндии и пилтенский штифтфогт Генрих фон Сакен, отстаивавший интересы церкви. Только потенциальная угроза нападения Московского государства в 1479 г. заставила стороны согласиться по многим пунктам. Они договорились, что церковные должности в штифтфогтствах (аналог фогтства, только на территории епископства, которое зачастую именовалось словом «Stift») будут занимать только представители орденского духовенства. Начались переговоры о возведении ливонских епископов в имперские княжеские сословия, и епископ Курляндский, имевший резиденцию в Пилтене, в 1520 г. получил в итоге титул имперского князя.
Время нахождения на Рижской кафедре архиепископа Гаспара Линде (1509–1524) было периодом, когда в Ливонии между магистром и церковными институтами соблюдался компромисс.[43] В начале 20-х гг. XVI в. наметилось нарушение достигнутого баланса, причиной чему послужило распространение евангелического учения. Первый намек на начинающееся религиозное движение в Лифляндии обнаруживается в письме Бланкенфельда из Берлина, датируемом июнем 1518 г. В нем он убеждал не изменять старой церкви, а напротив, всеми силами поддерживать ее.[44] По его совету местные прелаты съехались в конце июля 1521 г. в Роннебург и обсудили церковные вопросы, также дела относительно управления, находившиеся в ведении епископов. Собрание постановило, что надлежит читать и разъяснять папскую буллу об отлучении Лютера во всех кафедральных соборах и строго исполнять все предписания римского понтифика. На первом этапе конфессиональный вопрос не вызвал бурных дискуссий.