В 1494 г. ганзейцы испытали шок. В Новгороде был в жесткой форме разогнан Ганзейский торговый двор. Б. Рюссов описал эти события следующим образом: «В этом году великий князь, в противность всякой справедливости, приказал арестовать всех немецких купцов, находившихся в Новгороде, и схватившие их сняли с немцев чулки и башмаки и заключили ноги их в железные колодки и бросили их в тесные башни, где некоторые должны были сидеть по три года, а некоторые — по 9 лет».
М. Б. Бессуднова приводит перевод немецкого описания «капута» Ганзейского двора в Новгороде: «…в день св. Леонарда (6 ноября) ровно в полдень немецкие купцы в Новгороде были вывезены с Немецкого подворья русскими старостами (ptdertuden) Фомой Zelara (?) и Иваном Жидовиным (Zydone), да дьяками великого князя Данилой Мамыревым (Vylnrarone) Василием Жуком (Zuth) и Иваном Zamerock (?), сказавшими хаускнехту: "Ганс Хартвиг и вы, немецкие купцы, вы становитесь пленниками великого князя и царя всея Руси Ивана Васильевича до тех пор, пока его купцам не будет возмещен ущерб, причиненный, как они полагают, в ганзейских городах. Они обыскали их и забрали себе ключ от церкви, в которой находилось имущество купцов и их товары стоимостью в 96 тысяч марок, как русские записали со слов нескольких немецких купцов. Кроме этого, проводившие арест забрали много ценной церковной утвари: колокола, кувшины с предназначавшимся для причащения вином, "а также другие ценности и деньги (dennynge), которые не были включены в опись. Позже вечером купцы были доставлены в Новгород на архиепископский двор, после чего они находились в тюрьме в кандалах до 1498 года».[135]
Русская сторона заявляла, что поводом послужили репрессии ливонцев против русских купцов в Ревеле — по свидетельству Рюссова, одного сварили заживо по обвинению в фальшивомонетничестве, другого сожгли за зоофилию.[136] Данные казни действительно имели место: фальшивомонетчик Василий Сарай из Ямгорода в 1490 г. по приговору ревельского суда был заживо сварен в кипятке.
Русский купец Василий Захарьин был сожжен в Ревеле за противоестественную любовь к животным («сношения с кобылой»).[137] Несчастную кобылу при этом тоже убили (это полагалось по европейскому законодательству). Стоит заметить, что если в Европе за половые сношения с животными полагалась смертная казнь, то в России на это смотрели проще: предполагалось покаяние и большой денежный штраф. Поэтому казнь Захарьина была воспринята как кара, неадекватная его проступку.
М. Б. Бессуднова справедливо замечает, что казнь фальшивомонетчика была еще в 1490 г., и вряд ли русские раскачивались бы четыре года, чтобы отомстить за него. Здесь явно видно, что ливонская сторона пыталась изобразить причины разгона конторы как можно более абсурдными и нелепыми (безумные русские власти вступаются за уголовника и извращенца, ради этого готовы обрушить веками налаживаемую балтийскую торговлю). А русским был нужен формальный повод для разгона ганзейцев. На самом деле, Ганзейская контора пала жертвой большой московской политики — в 1493 г. провалились переговоры Ивана III со Священной Римской империей об антиягеллонском союзе, направленном против Польши. Великий князь приказал продемонстрировать свое недовольство на немцах, которые подвернулись под руку, в назидание всему германскому миру.