По католической церкви и ее прелатам в начале XVI в. нанесет сильнейший удар Реформация, которая затронула Ливонию в полной мере. В ее контексте сохранить прежнюю влиятельность и положение для ландесгерров было невозможно. Недаром инициатива секуляризации в 1550-е гг. исходила от самого главы ливонской католической церкви, рижского архиепископа Вильгельма Бранденбургского. Он тайно принял протестантизм и явно исповедовал эффективный политический принцип: «Не можешь запретить Реформацию — возглавь ее». У Вильгельма ничего не получится. Затеянная им «война коадъюторов» (о ней речь ниже) с призывом к иностранной державе Польше вторгнуться в Ливонию была проиграна. Но эти события обнажили все бессилие ландесгерров, которые еще могли интриговать, но уже не были способны править Ливонией.
В XVI в. меняется роль Ганзы как силы, контролирующей балтийскую торговлю. Распад Ганзы на западные и восточные города был намечен еще во второй трети XV в. Их рассорила политика Дании и Голландии, дающих массу привилегий своим городам и экономически конкурирующих с восточногерманскими.[140] Торговые споры, сопровождавшиеся ростом контрабанды и пиратства, ослабляли Ганзу. Ливонские же города, входившие в Ганзейский союз, не обладали потенциалом, который позволил бы им самостоятельно контролировать прибалтийский сегмент северной морской торговли — для этого у них не было ни материальных возможностей (например, своего военного флота), ни. соответствующего масштаба. Чтобы сохраниться как торговые городские центры, они неминуемо должны были искать покровительства более сильных союзов или держав.
В конце XV в., после присоединения к Российскому государству Новгорода (1471–1478), а вскоре и Пскова (1510 г.), меняется характер ливонской торговли. В ливонских текстах она получила название «необычной торговли» (ungewolicke kopenschopp). Резко умалялась роль старых ганзейских центров — Риги и Ревеля. Рига ориентировалась в основном на торговлю по Западной Двине с Полоцком и другими центрами Великого княжества Литовского, а вот Ревель после закрытия в Новгороде Ганзейского двора пострадал сильно. У него и оставалась только возможность торгового взаимодействия через Выборг. В ответ на арест своих купцов Ганза пыталась ввести против России что-то вроде санкций — запретить или резко ограничить торговлю. Торговые отношения прервались. А. Л. Хорошкевич указывает, что, согласно официальным документам, новгородско-ливонская торговля была прекращена в 1494–1514 гг., а псковско-ливонская — в 1501–1514 гг.