Именно при нём в Москве распространяется новая религиозная литература полемического характера. Наиболее весомые из этого ряда — Кириллова книга, «О вере», Малый катехизис — представляли собой перепечатку трудов, подготовленных в стенах Киево-Могилянской академии. В 1648 году большим тиражом издаётся славянская грамматика М. Смотрицкого с обширным введением и центральной мыслью о неправильности московских церковных книг, их исправление названо богоугодным делом. Автор писал о необходимости этой работы, которую должны поручить знающим и образованным людям. Кого Смотрицкий имел здесь в виду, догадаться несложно. Царь Алексей Михайлович лично обратился к Киевскому митрополиту Сильвестру Коссову с просьбой прислать учёных мужей, сведущих в греческом и латинском языках. Вскоре вслед за литературой в Москве появляется первая деятельная группа из Киево-Печерской лавры и других монастырей: Арсений (Сатановский), Славинецкий, Тернопольский, Вережанский, Птицкий, Быковский и другие, численностью около тридцати человек. Они начинают активно вразумлять местные кадры по вопросам вероисповедания. Начать решили с изменений в церковном пении. С 1651 года по униатским образцам в нотные книги вносились коррективы.
Всей этой славной компании покровительствовал всемогущий царский духовник протопоп Благовещенского собора в Кремле Стефан Вонифатьев. Сразу скажем, что это персонаж с неясным происхождением, о чём до сего дня спорят специалисты. Кстати, современники той эпохи нередко указывали его фамилию на малороссийский манер — Вонифатьевич. Интересно, что, несомненно, по указанию Алексея, им был собран ещё один кружок, занявший привилегированное положение в церкви. В него, напротив, вошли представители исконно российских регионов, обладавшие незаурядными способностями. Речь о протопопах Иване Неронове, Аввакуме Юрьевецком, Логгине Муромском, Лазаре Романовском, Данииле Костромском, архимандрите Никоне и др. Они обсуждали укрепление благочестия, требовали уничтожения языческих суеверий, народных игрищ и т. д.
Цель возникновения этого кружка станет понятной чуть позже, когда вопрос о масштабной церковной реформе встанет в полный рост. Разрыхлявший для неё почву патриарх Иосиф в силу преклонных лет был не в состоянии вытянуть такое дело, не поспевая за событиями, обещавшими быть весьма бурными. Выдвинуть же на роль патриарха кого-либо из малороссийского «десанта» вообще было чревато провалом. В этом случае народное возмущение могло выйти далеко за рамки прогнозируемого. Требовался энергичный, яркий исполнитель исключительно из местных, кому можно было бы доверить руководство погромными действиями по украинским заготовкам. Смотрины такого исполнителя и проходили в этом кружке под присмотром Вонифатьева. Выбор царя пал на Никона, чьи силы и честолюбие били через край. Именно ему выпала доля войти в историю, мягко говоря, в предельно противоречивом качестве.