Сказать, что Никон с первых шагов оправдывал оказанное доверие, было бы слишком слабо. Взойдя на патриарший престол, он проявил невиданную прыть в разрушении той церкви, в которой вырос и в любви которой клялся. Перед Великим постом 1653 года он разослал по всем церквам Москвы распоряжение креститься тремя перстами. Эта неожиданная грамота нового патриарха повергла в шок, поскольку неуклонно соблюдалось правило, подтверждённое Стоглавым собором столетней давности: кто не знаменуется двумя перстами, тот будет проклят. Негодование открыто выразили члены кружка, к коему ещё недавно принадлежал сам Никон. Неронов, Аввакум и другие ожидаемо отвергли новшества, считая, что московская церковь верна истинному православию, а погрешности в чинах и обрядах лишь следствие небрежного их выполнения, что устранимо через воспитание пастырей. Они дружно апеллировали к царю, пытались открыть ему глаза, тем самым продемонстрировав непонимание того, что речь идёт не только о церковном вопросе, а о большем: о фактическом превращении страны в колонию во главе с домом Романовых.
Отслеживая ситуацию, царь со своим духовником одёрнули Никона, указав на неподготовленность его действий. Посчитали необходимым поставить предстоящую реформу на более прочную основу, прикрывшись церковным собором 1654 года. Здесь в торжественной обстановке Никон уже обстоятельно высказался о предложенных преобразованиях. Как заметили учёные, патриарх не обладал глубокими знаниями о происхождении тех обрядов, кои смело бросился исправлять. Зато его объяснения породили вполне понятные недоумения — кем и когда были испорчены книги, — ведь в отличие от Византийской империи Москва не знала царей-еретиков, и никакая ересь здесь не побеждала. У собора складывалось впечатление, что под предлогом исправлений пытаются уничтожить истинное благочестие. Ожидая чего-то подобного, предусмотрительный Алексей первым подал голос за реформы, тем самым фактически пресекая возможность нежелательных дискуссий. Расчёт оказался верным: никто не осмелился бросить вызов государю, за исключением Коломенского епископа Павла, поплатившегося за это темницей, истязаниями и ссылкой.
Пример непокорного архиерея возымел действие: очередной собор 1655 года уже полностью подчинился Никону, заручившемуся к этому времени поддержкой вовремя прибывшего антиохийского патриарха Макария. Этот знаток греческого богослужения был из арабов. В Успенском соборе Кремля через переводчика он разъяснял скоплению ошеломлённого народа благость троеперстия и недоумевал, почему Москва уклонилась от праведного пути. Его «отеческие» наставления резюмировал Никон: «Я русский и сын русского, но мои убеждения и моя вера — греческие». Мнение оппонентов в лице бывших никоновских сподвижников по кружку государя интересовало мало.