После выхода из окружения Б.В. Зылев был направлен в запасную часть, где служил командиром учебного взвода. А в мае 1942 г. был переведен в железнодорожные войска, где служил по своей военной специальности, полученной в МИИТе, в звании старшего техника-лейтенанта на должности инженера отделения мостов управления железнодорожной бригады.
В составе отдельной 36-ой железнодорожной бригады восстанавливал мосты на Крымском, Северокавказском, Сталинградском и 2-ом Украинском фронтах. Он спроектировал восстановление 50-ти железнодорожных мостов и как инженер выполнял техническое руководство по их постройке. В составе частей 36-ой железнодорожной бригады он участвовал в восстановлении и постройке таких крупнейших мостов, как мост через реку Волгу у Астрахани, мосты через Днепр у Кременчуга и у Черкасс, мост через Южный Буг.
Восстановление мостов происходило на высоком уровне, большими темпами, что было необходимо для обеспечения снабжения наступающей армии. Проект временного восстановления моста длиной несколько сотен метров выполнялся Б.В. Зылевым очень быстро, иногда менее чем за сутки непосредственно на месте строительства. Свободное владение методами расчета, которое обеспечивало образование, полученное в МИИТе, играло здесь огромную роль. "Один день восстановительных работ – тысяча жизней на передовой" - такой плакат висел на строительстве моста через Южный Буг. Немецкие военные строители безусловно уступали нашим железнодорожным войскам в темпах восстановления. Зато искусству разрушать, у них можно было поучиться. Как правило, мосты были разрушены полностью, как пролетные строения, так и опоры. Причем, разрушались все мосты: большие, средние и малые.
Здесь необходимо отметить большую роль в восстановительных и строительных работах на фронтах Отечественной войны выпускников МИИТа. Назовем некоторых из них, вместе с которыми Б.В. Зылеву довелось работать: К.С. Силин, впоследствии Герой Социалистического труда, и Н.М. Колоколов спроектировали мост через Волгу у Астрахани с уникальным свайно-ряжевыми опорами, полная высота которых достигала 30 с лишним метров; И.И. Цурюпа, за руководство постройкой высоководного моста через Днепр у Киева получил звание Героя Социалистического труда, Тибилов А.А. – начальник строительства железной дороги Станица Крымская-Тамань, и многие другие. Нельзя не отметить большое влияние на военную подготовку выпускников МИИТа заведующего военной кафедрой генерал-майора С.Н. Савченко, свой практический военный опыт он умело сочетал со специальной подготовкой, которую студенты получали на кафедрах института.