После этого Владыка получил новый срок. Владыка был сначала на Поповом острове, зачем его перевели в Кремль, а потом "на Секирку" - в штрафной изолятор, где смерть была обыденным явлением.
На Пасху 1926 года Владыка Иларион добился у начальника СЛОНГа Эйхманса разрешения провести богослужение.
"Пасхальная заутреня проходила в ветхом кладбищенском храме святого Онуфрия. Крохотная церковь не могла вместить даже лагерное духовенство... Кладбише было полно народу. Голос Владыки Илариона доносился из глубины храма, среди тишины северной ночи.
И вот на улицу вышел крестный ход... "Христос воскресе!"- "Воистину воскресе!"-прозвучало под торжественным куполом увенчанною сполохом неба. С победным, ликующим пением о попранной, побежденной смерти шли те,. кому она грозила ежечасно, ежеминутно... Ликующий хор "сущих во гpoбех" славил и утверждал свое грядущее, неизбежное, непреодолимое силами зла воскресение." - так писал об этой неповторимой заутрене Б. Ширяев. В условиях неволи Владыка Иларион по-прежнему ощущал себя православным иерархом, oтветственным за положение Церкви, за свою паству. В июле 1926 года архиепископ Иларион выступил как один из инициаторов "Соловецкого послания" - обращения находившихся в Соловецком лагере православных епископов к правительству. В этом обращении, выдержанном в духе лояльности, епископы предлагали свое решение многих церковно-государственных отношений, не избегая самых острых вопросов.
Когда возникло новое разделение, вызванное появлением так называемой "Декларации заместителя патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского)" от 29июля 1927 года. Владыка Иларион. понимавший вынужденность некоторых его шагов, предостерегал всех от раскола.
Митрополит Мануил (Лемешевский), соузник владыки, пишет: "В ноябре 1927 года некоторые из соловецких епископов начали было колебаться в связи с иосифлянским расколом. Архиепископ Иларион сумел coбpaть до пятнадцати епископов в келлии архимандрита Феофана, где все единодушно постановили сохранить верность Православной Церкви, возглавляемой митрополитом Сергием. "Никакого раскола! - возгласил архиепископ Иларион,- что бы нам ни стали говорить, будем смотреть на это, как на провокацию!"
По поводу "иосифлянского" раскола архиепископ Иларион писал епископу Виктору (Островидову) и другим лицам. Он резко порицал позицию раскольников и напоминал им безгласие епископата в синодальные времена, когда перевод на другие кафедры был обычным явлением.
По мнению Владыки, отделение от митрополита Сергия -"преступление, по условиям текущего момента весьма тяжкое."