Между тем, в 1261 г. Михаил Палеолог отвоевал Константинополь у латин и восстановил греческую империю. За услуги, оказанные при этом генуэзцами они получили право исключительной торговли по берегам Черного моря, а в 1269 г. прочно обосновались в Кафе, как стала теперь называться Феодосия. Правда в 1298 г. Ногай разграбил Кафу, но она скоро оправилась. Тогда же были разгромлены Херсон, Кыркор, Керчь, Сугдея и др. Теперь одним генуэзцам разрешалось ввозить товары с запада в их колонии в Тавриде и менять на туземные произведения. Генуэзцы укрепили Кафу, якобы от возможных своих соперников — венецианцев, обвели ее сначала рвом и валом, а за тем стенами с башнями.
С усилением Кафы все более падал Херсонес, и генуэзцы употребляли все усилия, чтобы не дать ему возможности подняться, и вынудили у императора обещания не посылать судов в Херсонес, а херсонесским купцам преградили путь к соляным озерам полуострова и рыболовлям Азовского моря. Херсонес потерял всякие торговое значение, перешедшее к генуэзцам, которые одолели, наконец, венецианцев. Генуэзцы начали культурную работу в Тавриде. В широких размерах они занимались виноградарством и садоводством, особенно в Судацкой долине, после того как одолели Судаком, устроили рыбные заводы, научили население добывать и очищать воду, открыли и новые источники доходов; основали в Кафе училище и библиотеку. Население Крыма увеличилось тогда с нескольких сот до миллиона человек. Благосостояние Кафы усиливалось, влияние ее распространилось на все Приазовье, Кавказ и дошло до Каспийского моря, по которому генуэзцы вели торговлю на своих судах. Развилось крупное торговое сношение с Египтом. Затем генуэзцы овладели Балаклавой, где основали свой порт, ставший значительным торговым пунктом, овладели таной после упорной борьбы с венецианцами и принудили империю закрыть для венецианцев гавани на Черном и Азовском морях. Население Кафы увеличивалось с притоком в Крым армян, с согласия генуэзцев, но они были в Крыму и раньше уже в конце XII в. В 1338 г. был сооружен близ Солхата (Старый Крым) армянский монастырь св. Креста. В округе Кафы и Судака появилось много армянских церквей. В 1438 г. часть армян на Кавказе и в Тавриде приняла покровительство папы и присоединилась к католической церкви. В XIV в. была учреждена в Кафе католическая епархия.
Кафа получила от республики особый устав, строго и до мелочей определивший ее жизнь, получила тариф, монету, герб и самоуправление. Во главе управления стояли совет и консул, ежегодно назначаемые Генуей. После него высшими должностными лицами были два советника, нотариус, четверо судей, два казначея, начальник городской милиции, начальник войск, комендант крепости, правитель горной области (Хазарии) и правитель сельский. Самые высшие должности предоставлялись генуэзцам, другие наполовину генуэзцам и кафинцам. Все они были избирательные на короткое время — год, полгода, даже на три месяца. Этот устав генуэзских колоний в Крыму в 1449 г. был замене новым, более подробным.