Но недолго святой Афанасий наслаждался покоем в тихой обители Брестской. Весною 1648 года в Малороссии вспыхнуло казацкое восстание под предводительством Богдана Хмельницкого, началась несчастная для поляков война. Православное население Литвы и Польши во время войны страдало еще больше, было на постоянном подозрении в измене польскому королю, в соучастии с восставшими казаками. И святой Афанасий принял тогда мученическую кончину, несправедливо обвиненный в измене.
О суде над преподобным и его казни обстоятельно рассказывает особая повесть, составленная под сильным впечатлением скорбных событий послушниками Брестской обители святого Симеона, почитателями святого Афанасия. «Что мы видели своими глазами, что могли узнать от других людей о муках и отшествии из мира сего покойного отца Афанасия, нашего игумена, о том пишем и свидетельствуем. Кто-то недобрый в то время поднял войну с казаками: и встали великое преследование и неосновательное подозрение от иноверных на бедную Русь во всей короне Польской и великом княжестве Литовском. Покойный отец игумен уже не говорил ничего, противного униатам, сидел себе тихо в монастыре в то тревожное время. Вдруг паны из каптуровых судов13 воеводства Брестского по навету пана Шумского, в то время капитана королевской гвардии, прислали несколько человек шляхты в наш монастырь, чтобы взять игумена в замок. А был тогда день субботний, именно 1 июля, и покойный сам служил литургию в храме Рождества Пречистой Девы Богородицы в другом своем монастыре14.
Когда он, находясь у престола, заметил в церкви, как раз во время пения «Иже Херувимы», шляхту, за ним пришедшую, — сильно встревожился, как бы впал в забытье и стоял долго, ничего не совершая, так что можно было пропеть Херувимскую песнь в другой раз. Потом оправился, опять начал служить и всю литургию окончил чинно. А по окончании обедни выслушал от шляхты, что она пришла за ним, и немедленно, никуда не заходя из церкви, взявши с собой другого брата, пошел в замок. Там, став перед панами судьями, начал сперва громко говорить им и с почетом к судьям привел то, что святой апостол Павел был перед царем Агриппою и считал себя счастливым, так как знал, как ему защищаться (см.: Деян. 26, 1-2). Но паны судьи отнеслись с презрением к речи покойного игумена и, не слушая больше, приказали доносчику, названному пану Шуйскому, начать докладывать дело против него о посылке каких-то листов и пороху казакам. А отец игумен отвечает на это: «Милостивые паны! Это клевета и ложный вымысел, будто я посылал листы или порох казакам. Ведь вы имеете немало дозорщиков, пошлите за ними, и пусть они покажут, если я когда-нибудь и куда-нибудь отправлял порох. Что касается листов, то пусть ябедник приведет какое-нибудь доказательство, что я посылал их, как он клевещет». Тогда немедленно послали доносчика Шумского и других при нем, чтобы перерыли наш монастырь и отыскали порох и листы. А когда ничего не нашли там и уже уходили назад, доносчик отрыгнул злобу свою и сказал гайдукам