Рукоположенный сначала в сан иеродиакона, потом иеромонаха, блаженный Макарий получил от епископа Черниговского Лазаря Барановича (1657-1692) посвящение в сан архимандрита и звание настоятеля Овручской обители, преподобный по смирению своему вначале долго отказывался от этой почести, но когда братия приступили к нему с настойчивой просьбой, возлагая в случае отказа все согрешения свои на его душу, тогда преподобный принял игуменство (ок. 1659 г.).
Пребывание блаженного Макария в должности настоятеля Овручской обители совпало с тяжелым и страшным временем преобладания на Волыни поляков, которые старались навязать православным унию и латинство. Преподобный Макарий был здесь одним из самых деятельных защитников Православия, добрым руководителем подчиненных ему братий, которые не раз думали даже оставить монастырь, часто приходили в уныние от насмешек и бесчестия со стороны униатов, нередко нападавших на Овручскую обитель и расхищавших церковное имущество. Среди таких бед и скорбей святой настоятель обители не падал духом и, ободряя братию надеждой на Промысл Божий и небесное заступничество, говорил им: «Повторяйте, повторяйте чаще слова пророка Давида: Господь просвещение мое и Спаситель мой: кого убоюся? Аще востанет на мя брань, на Него аз уповаю (Пс. 26, 1, 3). И сердце иноков наполнялось твердостью и готовностью все терпеть.
Однажды святой Макарий чудесно избавил монастырь свой от грозившего ему опустошения со стороны татар, обложивших обитель. Монастырь был в осаде; иноки не могли выйти за стены обители ни за водой, ни за хлебом. Блаженный Макарий, совершив моление в храме, решил в совете с братией выйти против врага с духовным оружием; вместе с иноками, взяв иконы и хоругви, выступил он за монастырские стены. Торжественный ход устрашил врагов. Татарам показалось, что идет множество народа, и они обратились в бегство, не успев даже подобрать своих больных.
Но не оставили в покое обитель исконные враги ее — латиняне. Спустя некоторое время после татарского нападения, латиняне вместе с униатами пришли толпой в Овручский монастырь и приглашали преподобного Макария на обращение к унии или же на спор с ними о вере. Святой отверг их предложение, говоря: «Какое общение возможно для нас с вами? Вы оставили правила Вселенских Соборов, приняли предания лжи и вместо того, чтобы быть под Главою Христом Господом, преклонились пред властителем земным».
На возражения противников, что у них вера та же христианская, святой подвижник отвечал: «Покажите мне веру вашу в делах своих. Христианские дела ваши, когда убиваете вы людей, истребляете заведения, воспитывающие христианское благочестие? О! Воздаст вам Господь Судом Своим за дела ваши».