Трудами его предшественников-игуменов монастырь и с внешней, и с внутренней стороны был устроен; осталось только заботиться о поддержании его на будущее время в таком же благолепии и порядке. Но преподобный Корнилий этим не довольствовался и с усердием занялся делом церковного строительства. Прежде всего в 1538 году он основал каменную церковь в Пскове, что на Усохе, на берегу реки Великой, во имя Пречистой Богородицы, называемой Одигитрия. В ней тогда же было установлено ежедневное богослужение. При этой церкви преподобный Корнилий построил также дом для священнослужителей и вместе для приходящих по каким-либо нуждам из монастыря в город. Деревянную церковь во имя Сорока святых мучеников Севастийских, устроенную в обители при игумене Дорофее, преподобный Корнилий перенес за монастырь на приезжий для богомольцев монастырский двор; тут же была поставлена им часовня во имя великомученицы Варвары и палаты для царского приезда. В монастыре же, на месте снесенной преподобным Корнилием церкви во имя Севастийских мучеников, им же была поставлена в 1541 году каменная церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. Но самым памятным делом строительства преподобного было возведение им каменной ограды. При положении обители на границе с ливонскими немцами, заклятыми врагами Православия, такое укрепление было необходимо не для одной обители, но и для всей России. Монастырскую ограду преподобный Корнилий воздвиг во время войны царя Иоанна Васильевича Грозного с Ливонией (1558-1560 гг.); ограда строилась с 1558 по 1565 гы и имела трое ворот и девять крепостных башен. По вышине, прочности и обширности ее скорее можно было назвать крепостной стеной. Тогда же, в 1564 году, преподобный Корнилий устроил на монастырские средства над святыми воротами каменную церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Эта стена придала Печерскому монастырю вид пограничной крепости и дала ему возможность с успехом выдержать осаду польского короля Стефана Батория в 1581 году.
Посреди хозяйственных трудов на пользу и процветание святой обители ее игумен находил время и для письменных занятий, к назиданию благочестивым читателям. Так, перу преподобного Корнилия принадлежит описание чудес Печерской иконы Богоматери. «Свидетель этих чудес, — говорит он, — не я один, а весь Псков и Новгород. Богоматерь подает исцеления не только православным, но и иноверным, приходящим из Немецкой земли (из Лифляндии) с верою к чудотворному образу», преподобный Корнилий написал еще первоначальную летопись Псково-Печерской обители — памятник в высшей степени ценный не только для истории этого монастыря, но и для Псковского края — и завел Кормчую книгу с 1558 года.