Тем не менее аль-Афгани редко говорил об исламе в религиозных терминах. Возможно, самым большим его вкладом в исламскую политическую мысль стало настойчивое убеждение в том, что ислам, оторванный от своих чисто религиозных координат, может быть использован как социально-политическая идеология для объединения всего мусульманского мира в борьбе против империализма. Ислам был для аль-Афгани гораздо большим, чем закон и богословие; это была цивилизация. Действительно, это была высшая цивилизация, потому что, как он утверждал, интеллектуальные основы, на которых строился Запад, фактически были заимствованы из ислама. Такие идеи, как социальный эгалитаризм, народный суверенитет, стремление к знаниям и их сохранение, вели свое начало не от христианской Европы, а от уммы. Именно революционное сообщество Мухаммада ввело понятие народного одобрения правящего правительства, в то же время растворив все этнические границы между людьми и предоставив женщинам и детям беспрецедентные права и привилегии.
Аль-Афгани соглашался с Саидом Ахмад-ханом в том, что улемы несут ответственность за упадок исламской цивилизации. Самонадеянно взяв на себя роль хранителей ислама, улемы настолько зажали в тиски независимое мышление и научный прогресс, что, даже когда Европа пробудилась к эпохе Просвещения, мусульманский мир все еще барахтался в Средних веках. Наложив запрет на здравые дискуссии о границах закона и значении священного писания, улемы, которых аль-Афгани сравнивал с узеньким фитильком, на кончике которого горит малюсенькое пламя, не освещающее ничего вокруг и не дающее света другим, стали восприниматься как враги ислама.
Аль-Афгани не принадлежал к школе в Алигархе и считал Саида Ахмад-хана орудием колониальных держав за его преданное слепое подражание европейским идеалам. Аль-Афгани был убежден, что единственным преимуществом Европы над исламской цивилизацией были ее технологические достижения и экономическое мастерство. Оба эти атрибута должны развиваться и в мусульманском мире, если ислам стремится восстановить свою прежнюю славу. Но единственный способ добиться устойчивых социальных, политических и экономических реформ в регионе – это объединить их с вечными исламскими ценностями, которые лежат в основе существования мусульманской общины. По мнению аль-Афгани, слепое подражание Европе, к чему мусульман призывает Ахмад-хан, – пустая трата времени.
Политическая идеология аль-Афгани, давшая ростки, была усилена во время его пребывания на посту члена Совета по образованию в Османской империи. Там аль-Афгани вступил в контакт с группой турецких реформаторов, получивших название «новые османы». Под руководством нескольких писателей и ученых, самым известным из которых был блестящий поэт и драматург Намык Кемаль (1840–1888), новые османы разработали реформистскую программу, основанную на слиянии западных демократических идеалов с традиционными исламскими принципами. Результатом стал сверхнационалистический проект, обычно называемый