Награждение Вильгельма Франкена Рыцарским крестом. Ла Специя, 12 мая 1943 г.
Вернувшись из похода, Франкен покинул U 331 и был отправлен на Балтику для прохождения курсов командиров подлодок. Там его «догнал» Железный крест I степени, который был ему вручен за участие в потоплении «Бархэма». В марте 1942 года Франкен вернулся на Средиземное море, чтобы принять U 565 у её прежнего командира в Ла Специи. 1 апреля ему присвоили звание капитан-лейтенанта.
В первом же походе Франкен успешно атаковал конвой ТА-36 (Тобрук – Александрия) и потопил судно «Кирклэнд». Последующие три похода ничем выдающимся не были отмечены, лишь во втором из них U 565 потопила два небольших парусника и две рыбацкие лодки. В четвертом походе все поменялось.
25 октября U 565 вышла в море из Ла Специи. Её выход совпал с операцией британского флота, целью которой было усиление авиации на Мальте. 28 октября группа кораблей в составе авианосца «Фьюриес» (HMS Furious), шедшего с самолётами для Мальты, двух лёгких крейсеров и шести эсминцев вышла из Гибралтара. Военно-морское командование Оси решило перехватить эскадру и развернуло в западном Средиземноморье завесу из 14 субмарин (семь немецких и семь итальянских лодок), в которую вошла и U 565.
29 октября Франкену выпал шанс повторить знаменитую атаку Розенбаума, в ходе которой был потоплен авианосец «Игл». U 565 дала залп по «Фьюриесу», выпустив четыре торпеды, но ни одна из них в цель не попала. Английская эскадра пронеслась мимо на высокой скорости в 21 узел, преследовать ее было невозможно. Свой промах Франкен объяснил неисправностью торпед. Повторная попытка перехватить эскадру при возвращении её в Гибралтар ни к чему не привела.
1 ноября к югу от Балеарских островов Франкен попал в серьезный переплет. В 12:50, во время погружения, U 565 была атакована британским самолетом Локхид «Хадсон» из 233-й эскадрильи Королевских ВВС, который сбросил четыре глубинные бомбы. Взрывы бомб рядом с носом лодки причинили U 565 повреждения и выбросили её обратно на поверхность. Франкен, понявший, что придется драться, приказал зенитчикам немедленно занять свои места и открыть огонь. Нападение было отбито, и самолет, поврежденный зенитным огнем, улетел. Но практически сразу после его ухода лодку атаковал другой «Хадсон», дорого заплативший за эту попытку: он был сбит во время первой же атаки и упал в море в 500 метрах от лодки.
8 ноября началась высадка союзников в северной Африке. Для противодействия ей командующий подводными силами на Средиземном море Лео Крайш бросил в бой имеющиеся лодки. U 565 вошла в группу «Дельфин», которая должна была действовать у Орана (Алжир). Однако уже 10 ноября штаб получил сообщения от Франкена с запросом о возвращении на базу: субмарина получила повреждения от взрывов глубинных бомб, которыми её «угостил» корвет союзников, и U 565 потеряла возможность быстрого погружения. К тому же на лодке вышел из строя перископ. 13 ноября Франкен привёл свою лодку в Ла Специю.