U 172 вернулась из похода 7 сентября 1943 года. Больше Карл Эммерман в море не выходил. Он сдал лодку своему первому вахтофицеру Герману Хоффману, который был назначен её командиром. Выйдя в следующий раз в море, U 172 уже не было суждено вернуться обратно: 13 декабря 1943 года её потопила противолодочная группа американского эскортного авианосца «Боуг». Сам же Эммерман в ноябре сначала принял под своё командование 10-ю подводную флотилию в Лориане, а через некоторое время был переведён на аналогичную должность в 6-ю флотилию в Сен-Назере.
К этому времени он был награждён Знаком Подводника с бриллиантами. В августе 1944 года Эммерман оказался уже в Германии и участвовал в работе группы, которая отвечала за испытания и строительство лодок XXI серии. 1 декабря 1944 года Эммерману было присвоено очередное звание – корветтенкапитан. В марте 1945-го он стал командиром нового «электробота» U 3035. 23 апреля 1945-го офицер сдал эту лодку другому командиру и был назначен командовать батальоном морской пехоты, чем и занимался до самой капитуляции Рейха.
Просидев у британцев в плену до сентября 1946 года, Эммерман вышел на свободу и начал приспосабливаться к мирной жизни. Бывший подводный ас связал карьеру с промышленностью и работал представителем компании «Метсо Линдеманн ГмбХ», которая сейчас известна во всём мире выпуском оборудования для переработки металоллома. Скончался Карл Эммерман 25 марта 1990 года в возрасте 75 лет.
Эммерман сочетал в себе очень много интересных качеств. Его способность разумно рисковать, оказываться в нужное время в нужном месте и настоящее лисье чутьё позволили ему выжить и добиться успеха. Командир U 172 не любил неразумный риск. Хотя немецкий флот к 1942 году справился с проблемой неконтактного модуля взрывателя торпеды, Эммерман никогда не применял его. Под его командованием U 172 стреляла только торпедами с контактным взрывателем. Это определённый показатель того, что к этому делу подводный ас относился очень ответственно, старался бить наверняка и только проверенным оружием. Такая торпедная стрельба требовала опыта и точного расчёта. То же самое можно сказать и о его управлении лодкой. К примеру, маневрирование 7 апреля 1943 года служит определённым показателем мастерства командира.
Любопытно, что, сдав свою лодку Хоффману, Эмерману однажды пришлось вновь побывать в роли командира U 172, но весьма необычным способом. Когда субмарина входила в гавань, Эммерман вышел её встречать. Но Хоффман так безобразно маневрировал, что лишь чудом избежал столкновения со стоявшим рядом судном. Эммерману пришлось криком и жестами подсказывать бывшему подчинённому, как ему лучше пришвартоваться.