С 1879 по 1882 год Толстой создал теологическую трилогию, которая должна была послужить фундаментом «религии Христа, очищенной от веры и таинственности». В «Исповеди» он проследил свою духовную эволюцию от инстинктивной религиозности детских лет через грехи и соблазны юности, литературные и хозяйственные заботы семейной жизни, невыносимое отчаяние безверия, принятие православия и, наконец, отказ от него и переход – к пониманию вечных и простых истин подлинного христианства. В «Исследовании догматического богословия» Толстой предложил опровержение официальной доктрины православной церкви, как она была представлена в «Православно-догматическом богословии» архиепископа Макария (Булгакова), одного из ведущих церковных мыслителей того времени. Он также подготовил новый аннотированный перевод всех четырех Евангелий, дополненный «Кратким изложением Евангелия».
Завершив предварительную подготовку, Толстой приступил к развернутому изложению собственного кредо. В 1883–1884 годах он написал основополагающий трактат «В чем моя вера?». За пять лет ему удалось создать поразительную по логичности и последовательности систему религиозной, моральной, политической, социальной и экономической философии. Учение Толстого очень легко отвергнуть от начала и до конца, но чрезвычайно трудно, если вообще возможно, отыскать в нем внутренние противоречия и противопоставить одну его часть другим.
Свою веру Толстой нашел в Евангелии, но интерпретировал его в соответствии со своими исконными представлениями о природе истины. С его точки зрения, божественность Христа определялась не зачатием от Святого Духа и воскресением из мертвых, но тем, что его слова и жизнь были абсолютным воплощением божественной мудрости и потому полностью отвечали вечным критериям разума и нравственности:
Учение Христа есть учение об истине. И потому вера в Христа не есть доверие во что-нибудь, касающееся Иисуса, но знание истины. В учение Христа нельзя уверять никого, нельзя подкупать ничем к исполнению его. Кто понимает учение Христа, у того и будет вера в него, потому что учение это – истина. А кто знает истину, нужную для его блага, тот не может не верить в нее, и потому человек, понявший, что он истинно тонет, не может не взяться за веревку спасения. (ПСС, XXIII, 410)
Толстой прочитал Евангелие как историю незаконнорожденного мальчика и бездомного бродяги, пошедшего на мучительную смерть во имя света, который он нес в мир. Низкое происхождение и позорная казнь не только не отнимали ничего от величия и красоты его проповеди, но, напротив, придавали ей ту силу и ту истинность, которые претензии на генеалогическое древо, восходящее к Творцу вселенной, или искусственный хеппи-энд вроде воскрешения из мертвых, могли только подорвать. Идея, что Бог мог послать своего сына на крест, поражала Толстого неприкрытым кощунством.