Поначалу из-за этого в Москве ожидали большой войны с Турцией. Царь тут же направил султану грамоту, где говорилось, что Азов казаки взяли без его ведома, но это не помогло. По приказу султана крымские татары разорили южную окраину России, официально уведомив Москву, что мстят за Азов, и пообещав повторить набег на следующий год. Но до 1639 года Турция воевала с Персией, потом умер султан, и лишь в мае 1641 года новый султан Ибрагим I двинул на Азов 240-тысячное войско с сотней осадных орудий; казаков же в крепости было не более 6 тысяч. Как ни удивительно, все попытки турок взять крепость кончились полным провалом — в сентябре они сняли осаду. Казаки понимали, что еще одного такого удара им не выдержать, и обратились в Москву с просьбой оказать им военную помощь и принять у них крепость.
Чтобы решить судьбу Азова, царь Михаил в начале 1642 года созвал Земский собор. Все понимали, что помощь казакам приведет к немедленной войне с Турцией. Несмотря на то что дворянство и служилые люди высказались в поддержку войны, победило желание сохранить мир с Турцией — казакам повелели покинуть Азов. Они ушли оттуда, оставив груды развалин. Турецкий султан удовлетворился объяснением, что московское правительство над казаками не властно, и богатыми подарками.
Угроза войны заставила Россию бросить все силы на укрепление южной границы. Началось создание Белгородской засечной черты. Там было построено 18 крепостей и два укрепрайона с системой валов и засек. Новые укрепления не только отодвинули границу далеко к югу, но и позволили ввести в сельскохозяйственный оборот бескрайние просторы Дикого поля. Продолжались и военные реформы. В начале 1640-х годов в России впервые появилось регулярное войско, сформированное по европейскому образцу.
В 1645 году Михаил Федорович скончался после тяжелой болезни. Престол перешел к его сыну, 16-летнему Алексею. Снова, как и в 1613 году, русский трон занял неопытный юноша. Умирая, отец вверил его заботам боярина Бориса Морозова, который долгие годы был воспитателем царевича. Опасаясь появления неожиданных претендентов, Морозов сразу же созвал Земский собор, утвердивший Алексея на престоле.
Вскоре после смерти отца Алексей лишился и матери. Теперь Морозов оказывал на осиротевшего царя огромное влияние. Не удивительно, что скоро он сделался фактическим правителем при молодом государе. Однако второй Борис Годунов или Филарет из него не получился.
После тридцати лет правления Михаила Россия вышла из разрухи. Сельское хозяйство удалось привести в относительный порядок, осваивались новые плодородные земли на юге, во многих местах строились заводы, развивалась торговля. С соседями был мир, русские проникли далеко в Сибирь и вышли к Тихому океану. Государь правил, советуясь с боярами и с выборными «от всея земли». Обошлось даже без массового голода и эпидемий. И все же народ роптал.