Отныне Атауальпа их пленник.
В обмен на его освобождение Писарро потребовал огромный выкуп золотом и серебром. Все еще надеясь обрести свободу, Атауальпа приказал доставить в Кахамарку немыслимое количество предметов из драгоценных металлов. В свою очередь, испанцы получили подкрепление из Панамы и успели ознакомиться в политической ситуацией в стране.
Писсарро захватывает Перуанского Инку. Художник Д.Э. Милле
Понимая, что чужестранцы готовы заключить союз с Уаскаром, Атауальпа распорядился убить своего сводного брата, которого его полководцы удерживали в плену на юге. Не имея ни малейшего намерения удовлетвориться выкупом и покинуть страну, испанцы тогда решили казнить Атауальпу за предательство и братоубийство и встать под защиту сторонников убиенного Уаскара. Столкнувшись с таким непредвиденным развитием событий, последние заново собрали войско. Ожидая нападения армий Атауалъпы, испанцы поспешно покидают Кахамарку, дабы направиться в Куско. Когда, после нескольких стычек с войсками Кито, христиане приблизились к столице Империи, молодой сын Уайна Капака, Манко Инка, предстал перед Писарро в качестве кандидата, избранного жителями Куско в качестве преемника Уаскара. Войдя в столицу, Писарро признал Манко как «нового правителя страны».
Молодой Инка собрал армию и первые месяцы своего правления посвятил тому, чтобы, при помощи контингента испанцев, отбросить войско из Кито на север. Сам город Кито, остававшийся в руках одного из полководцев Ашауальпы, Румипьяви, вскоре не устоит перед штурмом испанского отряда, коему значительную поддержку оказывают уроженцы Томебамбы, каньяри.
Цель Манко — при помощи европейцев установить свою власть над империей и положить конец династическому кризису, начавшемуся со смертью Уайна Капака. Но официальный акт признания испанцами Куско своим городом (март 1534 г.), разграбление храмов столицы (май того же года), а затем и королевских гробниц, прибытие в Империю все более и более многочисленных испанских отрядов и оскорбления, нанесенные представителям аристократии, вскоре дали Манко и его окружению понять, сколь неверно они оценили ситуацию. То, что им казалось обычным вмешательством небольшой группы чужеземцев во внутренний конфликт, теперь приняло характер вторжения. Отношения между правителем и его испанскими союзниками ухудшились настолько, что последние дважды брали его в заложники, чтобы потребовать от него выкуп. В апреле 1536 года, воспользовавшись тем, что часть захватчиков находится в Чили и в Лиме, Манко мобилизовал свою армию и напал на Куско, где расквартированы всего 190 испанцев. За этим мятежом следуют другие по всей стране, и Манко идет на штурм Лимы, которую испанцы двумя годами ранее превратили в свою столицу. Но осада этого прибрежного поселения успеха не приносит, так как Писарро получил подкрепление от союзнических племен — уайлъя, уанка и каньяри, — а также от обитателей Лимы и центрального побережья, с касиков которых представители Инки решили вдруг востребовать многие годы не платившиеся в казну подати. Манко не удалось вернуться и в Куско, так как христиане получили военную помощь от индейцев каньяри и чачапойя, тогда как по истечении годичной осады войска Манко, прокормить которые он больше не мог, перешли на сторону противника. Неудача при осаде Куско (1537 г.) знаменует собой настоящий конец Инкской империи.