Правитель зачастую сопровождал свои войска и должен быть великим стратегом. На поле боя его можно было увидеть не часто — он предпочитал держаться в стороне, в отдалении, откуда и руководил битвой. С войском в поход шли носильщики — как правило, молодые родственники рекрутов — и жены воинов, иногда даже дети, родившиеся во время долгих кампаний. Так как этих «помощников» было почти столько же, сколько и воинов, инкские войска мобильностью не отличались.
Их сила в основном держалась на численном превосходстве, которое зачастую являлось устрашающим фактором. Так, большинство из 200 000 обитателей верхней долины Мантаро, уанка, среди которых было не очень много воинов, без боя капитулировали перед 30 000 солдат Инки. Судя по всему, ближе к закату Империи для некоторых сражений инкам удавалось мобилизовать более 100 000 бойцов. Инки появлялись с этим войском перед непокоренным еще народом и предлагали его знати соглашение: если те согласны во всем подчиняться инкам, то станут получать от Верховного Инки регулярные дары, их статус будет подтвержден, а айлью сохранят все свои запасы. Правитель проявлял великодушие по отношению к тем, кто ему подчинялся, и был безжалостен к любому, кто оказывал сопротивление. Многие Инки, дабы подавить сопротивление или мятеж, приказывали истребить целые племена, вроде каямби Эквадора или жителей долины Каньете. В верхней долине Мантаро обитатели Тупапмарки, отказавшиеся подчиниться Инки, были все до единого отправлены на поселение.
По мере того как разрастался Тауантинсуйу, становилось все сложнее содержать войско, основываясь на одной-единственной системе миты: так как сражения проходили все дальше и дальше от родных селений воинов, те не могли больше достаточно быстро вернуться домой для участия в необходимых ежедневных работах, что ставило под угрозу существование их общины. Тогда Инка решил освободить некоторые группы от всех прочих повинностей, кроме воинской, которая таким образом становилась своего рода их специализацией. Так, например, произошло с некоторыми племенами центра Кольясуйу — чарка, каракара, чуй и чича, — которых кусканская власть, по всей видимости, сочла верными союзниками. Те же, кому она не доверяла, напротив, освобождались от военной миты, подвергаясь лишь мите экономической. Так было с обитателями древней Империи чиму, которым и вовсе запретили носить оружие.
Когда закончилась эпоха великих завоеваний, инки столкнулись с проблемами контроля покоренных народов и обеспечения безопасности границ. Недовольные тяжелой повинностью миты племена нередко поднимались на восстание. Для предупреждения или подавления подобных мятежей государству приходилось повсеместно держать значительные военные контингенты, для снабжения которых всем необходимым была разработана система хлебных амбаров и складов, расположенных в непосредственной близости от центров провинций: каждый воин получал комплект одежды, сандалии, одеяла, а также паек, состоявший из маиса и коки. Строительство широкой сети дорог частично объясняется вставшей перед Инками необходимостью быстро мобилизовать значительные контингенты войск для подавления восстаний. В отличие от большинства империй Древнего мира, Инкская империя могла не опасаться вторжения извне (по крайней мере, так она полагала). Если кто и уходил воевать за пределы своих территорий, то именно инки, а построенные ими укрепленные поселения скорее служили базами для будущих завоеваний и местами для гарнизонов в еще не полностью покоренных районах, нежели сугубо оборонительными сооружениями. Именно так было в 37 укрепленных поселениях, обнаруженных неподалеку от Кито. В некоторых регионах, однако, как, например, у восточной границы Кольясуйу (современная Боливия), инки, судя по всему, все же опасались вторжений восточных племенных союзов, в частности чиригуапо, так как воздвигли линию укреплений примерно в сотне километров вглубь от границ империи (она проходила параллельно одной из главных имперских дорог). Инкальякта, расположенная к востоку от Кочабамбы, является единственным укрепленным инкским провинциальным центром.