Инкская империя с точки зрения ее экономической организации, мало походила на другие империи прошлого: городское население было в ней очень незначительно, в силу чего все то, что необходимо для обеспечения потребностей населения почти не перемещалось на большие расстояния. Куско не был, как Рим, центром обширной сети перемещения товаров. В большей части высокогорий местная экономика не знала ни рынков, ничего такого, что могло бы позволить инкам извлечь пользу из того, что производилось в той или иной местности. Кусканцы используют традиции, согласно которым касики обычно привлекала рабочую силу своих подчиненных, мобилизуя ее для строительства земледельческих террас и ирригационных каналов на пустошах, которые теперь государство присваивало себе и отдавало для возделывания местному населению. Так инки заставляли работать на них жителей горных селений. Те же механизмы позволяли Верховному Инке повсеместно добиваться постоянного увеличения поголовья скота в своих стадах. Главным образом продукция, полученная с земель и от племенного скота, потреблялась на местах: она позволяла содержать и снаряжать гарнизоны и кормить подданных Инки, пока они трудились на благо правителя. Квалифицированные работники, рекрутированные и распределенные Верховным Инкой по центрам провинций или ремесленным объединениям, производили товары, которыми Инка вознаграждал своих подданных и особенно провинциальных вождей за такую мобилизацию рабочей силы. Таким образом, в Инкской империи шла двойная экономическая жизнь, так как в ее недрах сосуществовали две связанные между собой, но отдельные организации: натуральное хозяйство, в котором айлью продолжало производить большинство товаров, необходимых для жизни его членов, и государственная экономика, вынуждающая крестьянские дворы производить излишки, которые инки перемещают и перераспределяют. Торговля не то чтобы отсутствовала, но на большей части территории государство пыталось подменить ее собой и само обеспечить циркуляцию товаров. На побережье, где существовали более специализированные хозяйства, государство довольствовалось тем, что взимало вперед часть дани, не развивая производственный аппарат.
Благодаря крайнему разнообразию природных зон Центральные Анды являлись одним из самых крупных центров окультуривания растений в мире. Этот процесс там начался столь же давно, как и на Ближнем Востоке или в Китае. Перуанцы культивировали несколько десятков видов растений, больше, чем любой другой американский народ. В нижней пуне, между 3700 и 4000 м, выращивают киноа и различные корнеплоды: картофель, которого сейчас существует порядка 470 разновидностей, оку, машуа и ольюко. Выше 4000 м, в верхней пупе, помимо сельского хозяйства развито разведение лам и альпак. В горных долинах (кечуа) выращивают главным образом маис, тогда как ниже 2500 м культивируют еще и фасоль, тыкву бутылочную и обыкновенную, авокадо, маниоку и хлопок.