Даже в конце XVI века инки вспоминали о том, что кечуа происходит не из Куско, как о том свидетельствует хронист Мартин де Муруа: «Утверждают, Инка Гуайна Капак [Уайна Капак] приказал, чтобы по всей стране говорили на языке Чинчасуйу, который сегодня повсеместно называют “общим кечуа” или “из Куско”». Впрочем, язык, который способствовал управлению Тауантпинсуйу; не был тем кечуа, который жители региона Куско изменили под влиянием языков, на которых они разговаривали ранее, в частности аймара. Инкская элита, как и элиты завоеванных провинций, действительно пыталась «насадить» разговорный кечуа в наиболее значимых поселениях центрального побережья, например в Пачакамаке. В отличие от горных вариантов, в береговом кечуа взрывные согласные, следовавшие за согласными носовыми (м, н), имели звонкое произношение. Именно от этой формы кечуа, использовавшейся элитами Тауаншинсуйу, происходит большинство терминов, заимствованных у этого языка (через испанский) французским, к примеру «Andes» (< andi) или «condor» (< kundur), а не от более консервативных горных форм, где эти термины произносятся соответственно [anti] и [kuntur].
Крайне маловероятно, что существовало доколумбово наименование для всей совокупности языкового семейства, которое выглядит некой абстракцией на фоне разнообразия местных вариантов. В большинстве современных диалектов кечуа язык обозначается термином рунасими — или родственной формой, — что означает «язык индейцев». Название «кечуа», впервые приведенное в неком тексте 1560 года, происходит от термина кечуа, которым обозначается умеренная горная область, такая, где можно выращивать маис. В эпоху Испанского завоевания на юге Перу в горах преимущественно разговаривали именно на кечуа, тогда как обитатели пупы повсюду пользовались языком аймара. Некоторые авторы полагают, что именно испанцы первыми назвали этот язык именем области, где он применялся столь характерным образом. Но нельзя отвергать и другую гипотезу, согласно которой это наименование существовало и до Конкисты, по крайней мере, на юге Перу. Действительно, во всех регионах, расположенных к югу от Куско, скорее термин кечуа (или его современные варианты кесуа и кишуа), а не рунасими в самом этом языке встречается чаще. Если перенос наименования с экологического яруса в область языка был произведен испанцами, можно предположить, что термин, использовавшийся в кечуа, должен был сохранить след своего перехода через испанский, то есть поменять свое увулярное произношение (несуществующее в испанском) на произношение велярное, и стал *кечуа или *кесуа. Следовательно, вполне возможно, что уже сами инки называли кечуа тот язык, который заимствовали у своих западных соседей, выращивавших маис.