Начиная с 1566 года или несколько ранее о быстрых изменениях положения в Шотландии Сесил получал информацию от своего разведчика Руксби. Тот подробно сообщал об убийстве Риччио, фиксировал чуть ли не каждое свидание Марии Стюарт и Босвела, все перипетии, приведшие к взрыву в Кирк о’Филде.
В свите Дарнлея находилось двое братьев, которые носили одинаковое имя Энтони Станден. Один из них находился в самом Кирк о’Филде в день убийства и спасся только потому, что был приглашен на бал-маскарад, который давала Мария Стюарт в Холируде по случаю венчания своих слуг. Станден подробно описал Сесилу события 9 февраля. Позднее Энтони Станден стал одним из наиболее ловких и удачливых английских разведчиков.
Вскоре после убийства Дарнлея в Шотландии снова появился Николас Трокмортон. С ним приехал французский посол, стремившийся к восстановлению власти Марии Стюарт. Трокмортон же должен был добиваться примирения королевы с лордами, наказания убийц Дарнлея и отсылки принца Якова в Англию, где Елизавета предполагала объявить его наследником престола. Ни одной из этих целей ему достигнуть не удалось.
В середине мая королева вышла замуж за Босвела, а еще через месяц ее войска без боя капитулировали перед армией, собранной лордами якобы во имя спасения королевы и ее сына. Мария была заключена в замок Лохлевен и здесь под давлением лордов 24 июля отреклась от престола в пользу Якова. Регентом стал спешно вернувшийся в Шотландию Мерей. В случае его отказа предполагалось, что этот пост займет Мортон.
Коалиция лордов быстро распалась. Часть из них (Гамильтоны, Хентли, Арджил) были недовольны переходом власти в руки Мерея. Они приняли сторону Марии, которая 2 мая 1568 г. бежала из Лохлевена. За несколько дней вокруг нее собралась значительная армия в 5 или 6 тыс. человек. Однако эта армия 13 мая потерпела полное поражение при Лэнгсайде близ Глазго. 16 мая Мария Стюарт приняла роковое решение — перешла на территорию Англии и отдалась под покровительство Елизаветы.
Елизавета быстро превратила свою «дорогую сестру» в пленницу, находившуюся в почетном заключении, которое, впрочем, постепенно становилось все менее почетным. Задачей английской дипломатии было обеспечить согласие сторон — шотландской королевы и регента Мерея — на разбор их притязаний комиссией, назначенной Елизаветой. Для этого в ход пускались и скрытые угрозы и обещания. Каждая сторона желала знать, какие выгоды последуют из благоприятного для нее решения комиссии — помощь Марии в восстановлении на престоле или, напротив, признание Англией правитель» ства регента? Шли споры и о том, должна ли Елизавета персонально возглавить комиссию, а Мария — лично присутствовать при разборе дела. В конечном счете и на предварительных переговорах летом 1568 года и на последующих заседаниях комиссии в Йорке, а позднее в Вестминстере в Лондоне в эти вопросы так и не было внесено ясности. Это привело к отзыву Марией ее представителей.