Разумеется, Байи не имел ни малейшего понятия о щекотливых подробностях биографии тюремного святого, а тот, напротив, успел приобрести немалый навык в своем хлопотливом ремесле. Герли вначале ничего не расспрашивал у Байи. Напротив, он доверил ему «важные тайны». А далее уже сам фламандец отплатил доверием за доверие. Более того, выяснилось, что спрос на услуги расторопного великомученика быстро возрастал. Герли был отнесен к числу арестантов, которым разрешали свидания с посетителями. Одним из них оказался посланец епископа Лесли, попросивший Герли помочь в установлении связи с Байи. Герли с готовностью согласился. Переписка между фламандцем и послом Марии Стюарт стала проходить через руки Герли или, что одно и то же, через канцелярию Сесила, где снимались точные копии со всех писем. Но письма были шифрованными, а раскрыть код никак не удавалось. И тут еще Герли допустил досадную ошибку. Ему приходилось чуть ли не ежедневно писать длинные отчеты лорду Берли, в которых, разумеется, полагалось использовать официальную правительственную терминологию при упоминании всех недругов королевы. А в разговорах с Байи нужно было находить совсем иные слова для наименования тех же лиц и событий. И вот у святого, как на грех, один раз сорвалось с языка слово «мятежники» в отношении участников недавнего католического восстания. Этого было достаточно, чтобы фламандец догадался о подлинной роли Герли.
Приходилось действовать в открытую. Байи доставили к грозному министру, который потребовал от него расшифровать переписку с Лесли. Заключенный ссылался на то, чтобы якобы потерял ключ к шифру. После этого допроса Байи был переведен в Тауэр. Там в одиночной камере он был надежно изолирован от своих сообщников. Министр приказал подвергнуть фламандца пытке, чтобы заставить раскрыть секрет шифра.
Молодой фламандец был, по-видимому, склонен читать наставления даже самому себе. На стенах его камеры сохранилась вырезанная им на камне надпись: «Мудрым людям следует действовать с осмотрительностью, обдумывать то, что они намерены сказать, осматривать то, что они собираются брать в руки, не сходиться с людьми без разбора и превыше всего не доверять им опрометчиво. Шарль Байи». Однако Байи, по-видимому, забыл то веское обстоятельство, что люди слишком часто поступают вопреки собственным мудрым поучениям.
В Тауэре Байи подвергали допросу под пыткой, впрочем, не очень суровой по понятиям того жестокого времени. Понятно, что и испанский посол дон Герау, и еще более епископ Лесли с напряженным вниманием ловили известия, удалось ли сломить упорство фламандца. Дон Герау сообщал в своих депешах, что Байи напуган, но ему не нанесли больших телесных повреждений. Представителю Филиппа II было легко сохранять невозмутимость — не то, что его коллеге, епископу Лесли, которого очень слабо защищал пост посла королевы, свергнутой с престола в Шотландии и содержащейся под стражей в Англии. Он понимал, что в любую минуту может разделить участь Байи, если пытка развяжет язык его сообщника. Однако единственное, что мог сделать Лесли, — это посылать Байи постельные принадлежности и хорошую пищу с напоминаниями, как надлежит вести себя в языческих темницах борцам за веру христову.