С началом церковных служб еще больше умножились чудеса от образа Святителева. Более всего происходили они во время литургии. Вместе с тем благословение Божие явно почило и на всем имуществе обители. Нивы ее цвели и давали богатый урожай, скот был здоров и размножался; всеми прочими благами земными она также изобиловала, и число братии ее возрастало. А князь и народ не переставали часто посещать обитель для поклонения и совершения молебствия Святителю пред его образом и также делали щедрые приношения ей и ревновали о ее благоустроении.
Такова первоначальная история обители. Основатель ее, старец Варлаам, еще в 1506 году присутствовал в Угличе при погребении преподобного Паисия Угличского. Итак, уже он мог видеть процветание обители и исполнение на ней Угодником своего обещания, данного ему при образе. Еще более однако цветущий период в истории обители начинается после его смерти, чрез столетие после основания ее.
В 7071 году, при князе Угличском Георгии Васильевиче (1563 г.), была выстроена в ней теплая каменная церковь во имя Введения Пресвятой Богородицы, а в 1589 году, при царевиче Димитрии, такая же и соборная во имя Святителя Христова Николая, высокая, каменная со сводами, с погребами, с дверями железными, великолепно украшенная, в которую был перенесен тогда и образ. Кругом вся обитель ограждена была деревянной стеной, а по грамотам государей Василия Иоанновича (1505–1533) и Иоанна Васильевича (1533–1584) она владела несколькими селами и деревнями. К началу XVII века Николо-Улейминский монастырь находился в таком цветущем состоянии, что летописец называет его «дивным и прекрасным». Такова была милость Чудотворца к своей обители.
Скоро однако за этим славным временем мира, процветания и благополучия ее он посылает ей и тяжкие испытания и, в годину междуцарствия и литовского разорения, ввергает ее в пучину самых ужасных бедствий. Страдания, которым тогда враги подвергли обитель, так трогательны, что мы не можем не описать их словами самой летописи. В 7117 (1609) году, когда вражеские польские и литовские полки короля Жигмонта пошли на город Углич, обитель была разграблена и разорена.
Немного оправившийся и восстановленный через семь лет после этого разорения в царствование Михаила Феодоровича Николо-Улейминский монастырь скоро затем в 7127 (1619) году вторично был вместе с городом Угличем опустошен, а братия его с игуменом Ионой перебита литовскими и польскими людьми разбойничьей шайки пана Микулинского.
Только после заключения с Польшей окончательного мира в 1620 году мог начать снова беспрепятственно обновляться и населяться монастырь, и тогда – «о, чудесе твоего, угодниче Христов, Святителю Николае! – твой образ (среди смут) невидимою рукою восхищен быв лете по воздуху дало полупоприща; и по времени паки на том же месте падшей соборной церкви явися, верными обретен бысть и в чудесном видении стоящ». Бедствия обители послужили поводом к новой славе ее и чудотворного образа, и с окончанием их опять наступили для нее дни благоденствия и процветания под явным покровом Святителя. В 1624 году первый государь нового царского дома Романовых, Михаил Феодорович, своей грамотой снова закрепил за обителью ее прежние вотчины. В то же время Ростовский митрополит Варлаам II, бывший прежде ее игуменом, всячески заботился о восстановлении ее прежнего благолепия. Старанием его каменный соборный храм Угодника, разрушенный так варварски врагами, снова был восстановлен из развалин; приведены были в благолепный вид также другие церкви; снова обитель наполнилась иноческим чином, «и тако, благодатию Христовою и молитвами Николы Чудотворца, сия святая обитель паки обновися».