В те дни мало знали о влиянии климата, ветра и погоды на здоровье человека. Естественно, тот, кто проектировал госпиталь, должен был поместить его на южном склоне горы Скиберрас, чтобы защитить пациентов от сильных, иногда достигающих ураганной силы северных ветров. Но даже если место было выбрано неудачно, сам госпиталь во всех отношениях являлся предметом зависти всей Европы. В те дни он был, вне всяких сомнений, самым большим медицинским учреждением в мире. Орден, несмотря на свою воинственную роль, никогда не забывал о своей изначальной функции – заботе о больных. Это было в те дни, когда по всей Европе больные считались не более чем потерями, неизбежными на поле сражения – жизни.
Главная, «большая» палата госпиталя в Валетте была одним из самых длинных помещений в Европе. Ее длина – 185 футов, ширина – 35 футов, высота – 31 фут. Высота помещения на Мальте была очень важна – там температура 90 °F (32 °C) является обычной, и в те дни, когда не было вентиляторов, единственным способом сохранить помещение прохладным было сделать его как можно более высоким. Интересно, что, хотя госпиталь, безусловно, был raison d’etre (смыслом существования) ордена, имя архитектора осталось неизвестным. Госпиталь был возведен, когда великим магистром был Ла Касьер, и можно было бы предположить, что архитектором мог быть выбран Джироламо Кассар, но об этом нигде нет ни одного упоминания. По проекту госпиталь напоминает больницу Санто Спирито в Риме, и можно не сомневаться, что, кто бы ни был архитектором в Валетте, он видел римский госпиталь XV века. Лучшее описание госпиталя оставил в своем дневнике британский флотский капеллан Генри Теондж, который посетил Мальту в 1674 году на борту корабля Assistance. «Госпиталь – огромное сооружение, в котором лежат больные и раненые. Он настолько широк, что по нему могут пройти в ряд двенадцать человек. Кровати расположены по обе стороны. Они стоят на четырех ножках и отгорожены белыми занавесками. Все вокруг очень чисто и опрятно…» Все, кто посещал госпиталь в те годы, удивлялись его чистоте, редкой в Европе того времени, равно как и тому, что за пациентами ухаживали сами рыцари. Еду им подавали на серебряных тарелках. Использование серебра вызывалось не желанием выставить напоказ роскошь, а исключительно соображениями гигиены. В XVIII веке, когда финансы ордена пришли в упадок, серебро сменило олово.
Хирургия была примитивной, как и во всей Европе, но врачи ордена, по крайней мере, имели больше знаний о санитарии и гигиене, чем их современники. Греческие доктора-философы Гелен и Гиппократ все еще оставались основным источником медицинских знаний, их лишь слегка переработал араб Авиценна, чей «Канон медицины», один из главных медицинских трактатов того времени, основывался на доктринах двух знаменитых греков, модифицированных Аристотелем. Анестезия, предшествующая хирургии, тоже была в зачаточном состоянии. Отключение сознания вызывалось в основном алкоголем и губкой с наркотиком. Последнюю пропитывали раствором опийного мака и другими наркосодержащими препаратами, пациент брал ее в рот и сосал до тех пор, пока пары и проглоченные опиаты не лишали его сознания. Доктор Пол Кассар в «Медицинской истории Мальты» описывает простой, но высокоэффективный метод, возможно, первую в мире анестезию. «Применялся также удар молотком. Голову пациента помещали в некое подобие шлема, по которому хирург наносил сильный удар деревянным молотком таким образом, что пациент лишался чувств, что помогало ему перенести операцию, не страдая от боли».