11 июня 1798 года было подписано перемирие. Стороны согласовали следующие условия: рыцари ордена святого Иоанна Иерусалимского передают французской армии город и порты Мальты. Они отказываются в пользу Французской республики от прав суверенитета и собственности как в отношении этого города, так и в отношении островов. Республика употребит свое влияние на Раштадском конгрессе, чтобы обеспечить великому магистру пожизненное владение княжеством, равноценным тому, которое он теряет, а в ожидании этого станет выплачивать ему ежегодную пенсию в 300 000 ливров. Французская республика также сделает другим державам Европы представления о сохранении за рыцарями соответствующих наций их прав на собственность Мальтийского ордена в этих государствах. Рыцари, являющиеся французами, смогут вернуться на родину; те, кто предпочтет остаться на Мальте, будут получать ежегодную пенсию в 700 ливров, а те, кому больше 60 лет, – 1000 ливров.
Это был конец ордена святого Иоанна на Мальте. Бонапарт лично вошел в Валетту 12 июня и был изумлен размерами фортификаций, так легко ему доставшихся. Позже он писал в своих мемуарах: «Мальта не могла выдержать 24-часовой обстрел. Она определенно имела физические возможности сопротивляться, но не имела моральных сил».
За всеми сценами хаоса и беспорядков виднелась смутная и в высшей степени нерешительная фигура великого магистра, жалкого потомка таких значимых людей, как Л’Иль-Адам и ла Валетт. Знамя ордена, которое гордо развевалось над полями сражений Святой земли и Востока, которое вселяло ужас в мусульман в тысячах морских боях, теперь было бесславно спущено, и его место занял французский триколор.
Спустя шесть дней, 18 июня, фон Гомпеш и все рыцари, не выразившие добровольного желания служить французам, покинули остров. Богатства ордена стали добычей победителей (можно усмотреть грустную иронию в том, что почти вся драгоценная добыча была погружена на L’Orient и утонула вместе с ним в заливе Абукирк). Великому магистру было позволено взять с собой только три самые драгоценные реликвии ордена – фрагмент Истинного Креста, руку святого Иоанна Крестителя, лишенную своего драгоценного реликвария, и икону Филермской Божьей Матери, доставленную с Родоса. Но даже икону вынули из серебряного оклада. Орден святого Иоанна снова стал бездомным. Только горстка рыцарей сопровождала великого магистра в изгнание. И когда они оглядывались на свой бывший город и бывший дом, в их глазах не было гордости.
После выдворения ордена с Мальты можно было ожидать, что организация, столь неуместная в наполеоновской Европе, обречена на исчезновение. То, что она уцелела, можно считать чудом, и определенно в этом не было никакой заслуги великого магистра, дух которого был сломлен. Фон Гомпеш нашел приют в Триесте, где его самого и бывшую с ним горстку рыцарей взяла под защиту Австрия. Польские рыцари в великом приорстве Российском вместе с несколькими французскими эмигрантами искали защитника ордена, способного его спасти. Император Павел I принял их с распростертыми объятиями. Теперь он хотел иметь нечто большее, чем формальный титул, и стать полноправным великим магистром ордена. Не ожидая ухода фон Гомпеша, рыцари, находившиеся в Санкт-Петербурге, действуя совместно с великим приорством Российским, объявили фон Гомпеша смещенным. В сентябре того же года, когда Мальта была потеряна для рыцарей, Павел I стал их главой. И то, что он не был католиком и принадлежал к Русской православной церкви, его, судя по всему, нисколько не беспокоило.