В том же году рыцари вместе с флотом короля Кипра одержали верх над оттоманским флотом в проливе между островом Самос и знаменитым древним городом Эфес. Все, что было совершено всего лишь за два года обоснования ордена на Кипре, указывает на всю серьезность, с которой рыцари относились к своим обязанностям, и на их удивительную действенность. И все же, возможно, поскольку арена их деятельности была слишком далека от Европы, многие принцы, папы и прелаты жаловались, что орден стал слишком могущественным, а добра делает мало.
Папы взирали жадными глазами на богатства ордена, и после уничтожения тамплиеров всегда находились те, кто желал краха ордена. На этой политической сцене могущество и влияние членов ордена в Европе продолжало расти.
То, что орден святого Иоанна не постигла судьба ордена храма тамплиеров, объясняется двумя фактами: во-первых, им всегда безупречно управляли, сохраняя полный порядок, а во-вторых, его деятельность рассматривалась папством как предвестие новых Крестовых походов. Следует помнить, что Родос был только острием копья, которое поддерживала и направляла сильная рука владений ордена в Европе. Без деятельности подразделений ордена в Италии, Испании, Франции, Германии и Англии Родос был бы всего лишь далеким островом в Эгейском море, захват которого – вопрос времени. Деньги, заплаченные за галеры ордена, за оборонительные сооружения города, за сложную шпионскую сеть, разбросанную по всей Малой Азии и Ближнему Востоку, которая позволяла великому магистру и совету быть хорошо информированными обо всех перемещениях врагов, приходили из Европы. В эти ранние годы были достигнуты и другие успехи, среди которых можно отметить разгром турецкого флота в районе Смирны – тогда вместе с орденом сражались корабли Франции и Венеции. Венецианцы всегда радовались помощи ордена в патрулировании Эгейского моря, поскольку у них были обширные владения и большие интересы на островах, которые являлись промежуточными этапами для их торговли с Востоком. В 1345 году был достигнут большой успех – захвачена Смирна, один из важнейших торговых портов на побережье. Чуть больше чем за тридцать лет рыцари распространили свою оберегающую силу и влияние над всей южной частью Эгейского моря. Теперь у них был и важный город Малой Азии. Это было серьезное достижение. Смирна оставалась аванпостом ордена до 1402 года, когда город пал перед татарами под предводительством Тимура Хромого – Тамерлана.
В 1365 году снова возродилась мечта многих пап, и по Европе опять распространился крестоносный дух. Папа Урбан V, пойдя навстречу просьбам Петра (Пьера), короля Кипра, найдя удобный инструмент в лице известного кармелитского проповедника, объявил новый Крестовый поход. Хотя на призыв откликнулся мало кто из английской знати, за исключением графа Херефорда, и вообще никто из Германии, собрался довольно большой французский контингент. Со всей Европы собрались рыцари «среднего звена» – даже из далекой Шотландии. В авангарде Крестового похода были рыцари святого Иоанна. Именно они возглавили священную войну, чему в немалой степени способствовало то, что они знали территорию, рельеф местности и диспозицию противника.