Поскольку финансовые дела ордена находились в плачевном состоянии, рыцари снова стали выходить в море. К их немалой радости оказалось, что, хотя мусульманские торговые пути располагаются несколько дальше от них, чем это было на Родосе, судоходство чрезвычайно богато. Кроме того, на мусульманские суда так давно никто не нападал, что они оказались совершенно неготовыми к появлению галер ордена. Действуя из Триполи и с Мальты, но по большей части с Мальты, галеры привозили на остров богатейшую добычу, которая помогла стабилизировать финансы и ускорила строительство не только оборонительных сооружений, но и нового госпиталя и приютов разных лангов.
Хотя военный флот ордена был небольшим, все же он оставался, как и во время пребывания рыцарей на Родосе, самым эффективным на всем Средиземноморье. Кроме того, хотя рыцарей сопровождали лоцманы и моряки с Родоса, мальтийцы тоже оказались неплохими мореходами, и к тому же легко обучаемыми. Они были знакомы с латинскими парусами – узнали о них от арабов, которые господствовали над их островами в течение двух столетий, и им не было равных в плавании на маленьких лодках, поскольку они издавна зависели от прибрежного рыболовства. Рыба была отличным дополнением к их рациону, тем более на Мальте и Гоцо было мало мяса. Коротконогие, широкогрудые, смелые и выносливые мальтийцы оказались не менее ценным приобретением для армии и флота ордена, чем родосцы в прежние века.
Флот ордена также был усилен большой карракой, одним из самых мощных кораблей своего времени и, вероятно, самым крупным военным кораблем Средиземноморья. Он был построен в Ницце, и, поскольку предвещал конец галер и приход военных кораблей, зависевших только от парусов и пушек, ему стоит уделить особое внимание. Дж. Таафе в «Истории ордена святого Иоанна Иерусалимского» дает следующее описание этого судна: «Каракка не уступала нашим спасательным шлюпкам в том, что, хотя она была пронизана многочисленными отверстиями, вода не могла ее потопить. Когда в Ницце была чума и смертность оказалась пугающе высока – повсюду стояла такая ужасная вонь, что птицы с неба падали замертво, – ни один человек на борту не заболел. Последнее в основном приписывали большому количеству костров, которые поддерживали рабочие, чтобы поставлять необходимые гвозди, болты и другие железные изделия… [Она] имела восемь палуб и так много места для складирования запасов, что могла находиться в море шесть месяцев без необходимости заходить в порт за продовольствием, даже за водой. На судне были огромные запасы воды на все время плавания, причем вода была чистая и свежая. Команда ела не сухари, а прекрасный белый хлеб, который выпекали каждый день. Зерно перемалывали в ручных мельницах, а печь была настолько большая, что вмещала единовременно две тысячи буханок. Судно было обшито шестью разными металлическими обшивками, причем две из них под водой были свинцовыми с бронзовыми болтами, которые не изнашивают свинец, как железные. Оно было построено с таким необыкновенным искусством, что не могло утонуть, не в человеческой власти было погрузить его под воду. Чудесные помещения, арсенал на 500 человек, а о числе всевозможных пушек и говорить нечего, разве что следует отметить, что 30 пушек были необычайных размеров. В довершение всего огромное судно обладало несравненной скоростью и маневренностью, а его парусами было очень легко управлять. Требовалось совсем мало труда, чтобы зарифлять парус, изменять направление и выполнять все прочие необходимые действия. Не говоря о солдатах, одних только моряков было три сотни, а еще две галеры на 15 скамей каждая, одна галера – на буксире за кормой, другая – на борту, всевозможные лодки разных размеров – тоже на борту.